rOpenSci News Digest, octombrie 2024

Dragi prieteni rOpenSci, este timpul pentru turul nostru lunar de știri!

Puteți citi această postare pe blogul nostru. Acum haideți să ne aprofundăm în activitatea de la și în jurul rOpenSci!

rOpenSci HQ

Promovarea științei deschise în America Latină: CZI acordă fonduri pentru dezvoltarea de software de cercetare durabilă

Vești incitante! Inițiativa Chan Zuckerberg a acordat rOpenSci un nou grant pentru a promova software-ul științific durabil ca pilon al Științei Deschise în America Latină, prin construirea capacității și a comunității. Cu acest grant de 340.000 USD, plănuim să lansăm o versiune în limba spaniolă a Programului nostru Campioni, împreună cu alte inițiative noi pentru a face dezvoltarea durabilă a software-ului mai accesibilă pentru cercetătorii din regiune. Citiți mai multe în anunțul nostru.

Tur interactiv R-Universe

Fiecare pagină de pachet de pe R-universe are acum un tur ghidat construit cu intro.js, astfel încât să puteți obține o prezentare generală a tuturor informațiilor prezentate pe paginile pachetului. Pentru a începe turul, faceți clic pe butonul „Turul site-ului” din bara de navigare – rețineți că nu funcționează pe dispozitivele mobile. Exemplu: pachet xml2.

Comunitatea rOpenSci la evenimentele viitoare

Managerul comunității rOpenSci, Yanina Bellini Saibene, va susține un discurs principal la BioNT Community Event & CarpentryConnect-Heidelberg 2024, pe 14 noiembrie la Heidelberg, Germania.

Câțiva membri ai comunității rOpenSci vor face parte din Conferința LatinR-Latino-Americană de anul acesta despre utilizarea cercetării în cercetare și dezvoltare!

Consultați lista completă a discuțiilor și a altor evenimente la care vor participa membrii rOpenSci.

rOpenSci la conferința Regatului Unit Research Software Engineers

Cea de-a opta conferință anuală de cercetare software din Marea Britanie a avut loc la Newcastle în perioada 3-5 septembrie. Mark Padgham a susținut o discuție despre „rOpenSci software statistic peer-review: importanța și provocarea angajamentului comunității”. Discuția a fost a doua într-o sesiune în două părți dedicată evaluării de către colegi a software-ului și a urmat o demonstrație a procesului de trimitere la Journal of Open Source software. Găsiți diapozitivele lui Mark.

Primul nostru apel comunitar în portugheză!

A comunidade R fala português
🕓 Miercuri, 06 noiembrie 2024 13:00 UTC Cu Pedro Faria, Beatriz Milz, Francesca Belem Lopes Palmeira.

Comunitatea R realizează mai multe traduceri în portugheză a diferitelor resurse: cărți, pachete și ghiduri.

În acest apel comunitar, trei lideri din comunitatea vorbitoare de portugheză își vor prezenta experiențele în conducerea și făcând parte din aceste proiecte și vor împărtăși cum putem participa la aceste eforturi, inclusiv proiectul de traducere a Ghidului pentru dezvoltatori rOpenSci.

Acest apel comunitar va fi urmat de un traslaton la LatinR, pentru cei care vor să contribuie.

Se caută menținători care să sprijine colaboratorii pentru prima dată

A face prima ta contribuție la Open Source poate fi atât încurajator, cât și intimidant. Ca atare, suntem încântați să anunțăm o serie specială de activități pentru a sprijini colaboratorii care contribuie pentru prima dată la pachetele rOpenSci! 🎉

Sunteți un întreținător de pachete rOpenSci și care ar dori să ajute pe cineva să-și aducă prima contribuție?

Consultați postarea noastră de blog pentru mai multe detalii și cum să vă înscrieți (până pe 24 noiembrie).

Coworking

Citește totul despre coworking!

Alăturați-vă nouă pentru coworking social și orele de birou lunar în prima zi de marți! Găzduit de Steffi LaZerte și diverse gazde ale comunității. Cu toții bineveniți. Nu este nevoie de RSVP. Consultați pagina noastră Evenimente pentru a afla ora dvs. locală și cum să vă înscrieți.

Și amintiți-vă, puteți oricând să colaborați independent la munca legată de R, să lucrați la pachete care tind să fie neglijate sau să lucrați la ceea ce aveți nevoie pentru a realiza!

Software 📦

Pachete noi

Următoarele cinci pachete au devenit recent parte din suita noastră de software:

• pkgmatch, dezvoltat de Mark Padgham: Găsiți pachete R care se potrivesc fie cu descrierile, fie cu alte pachete R.

• rsi, dezvoltat de Michael Mahoney: Descarcă date spațiale din cataloagele spațiotemporale de active (STAC), calculează indici spectrale standard din proiectul Awesome Spectral Indices (Montero și colab. (2023) doi:10.1038/s41597-023-02096-0) împotriva rasterului date și lipește ieșirile împreună în cărămizi de predictor. Metodele se concentrează pe interoperabilitatea cu ecosistemul spațial mai larg; argumentele funcției și ieșirile folosesc clase din sf și terra, iar funcțiile de descărcare a datelor acceptă interogări complexe CQL2 folosind rstac. Este disponibil pe CRAN. A fost revizuit de Felipe Carvalho și Michael Sumner.

• allcontributors, dezvoltat de Mark Padgham împreună cu Chris Hartgerink: Recunoașteți toți contribuitorii la un proiect printr-un singur apel de funcție. Funcția atașează la un fișier README sau alte fișiere specificate un tabel cu numele tuturor persoanelor care au contribuit prin probleme de cod sau depozit. Pachetul include, de asemenea, câteva funcții suplimentare pentru extragerea și cuantificarea contribuțiilor la orice depozit. Este disponibil pe CRAN.

• chopin, dezvoltat de Insang Song împreună cu Kyle Messier: calculul datelor geospațiale este paralelizat de fișiere grid, ierarhie sau raster. Pe baza backend-urilor paralele viitoare și mirai, funcțiile terra și sf, precum și funcțiile de confort din pachet pot fi distribuite pe mai multe fire. Cel mai simplu mod de a paraleliza calculul geospațial generic este de a începe de la par_pad_* funcții la par_grid, par_hierarchysau par_multirasters funcții. Practic, orice funcții care acceptă clase în pachetele terra sau sf pot fi utilizate în cele trei funcții de paralelizare. O operație obișnuită de suprapunere raster-vector este furnizată ca funcție extract_atcare utilizează exactextractr, cu opțiuni pentru greutățile nucleului pentru rezumarea valorilor raster la geometriile vectoriale. Alte funcții convenabile pentru operații vector-vector, inclusiv interpolare simplă a zonei (summarize_aw) și însumarea greutăților cu descompunere exponențială (summarize_sedc) sunt de asemenea furnizate. Acesta a fost revizuit de Alec L. Robitaille și Eric R. Scott.

• eDNAjoint, dezvoltat de Abigail G. Keller: Modelele integrează datele de detectare a ADN-ului de mediu (eDNA) și datele de anchetă tradițională pentru a estima în comun rata de capturare a speciilor (vezi vigneta pachetului: https://ednajoint.netlify.app/). Modelele pot fi utilizate cu date de numărare prin metode tradiționale de sondaj (de exemplu, capcană, pescuit electric, vizual) și date replicate de detectare/nedetectare eDNA prin reacția în lanț a polimerazei (adică, PCR sau qPCR) din mai multe locații de sondaj. Parametrii estimați includ probabilitatea detectării unui eDNA fals pozitiv, covariate la nivel de site care scalează sensibilitatea anchetelor eDNA în raport cu anchetele tradiționale și coeficienții de capturabilitate pentru tipurile de unelte tradiționale. Modelele sunt implementate cu un cadru bayesian (lanțul Markov Monte Carlo) folosind limbajul de programare probabilistică Stan. Este disponibil pe CRAN. Acesta a fost revizuit de Chitra M. Saraswati și Saras M. Windecker.

Descoperiți mai multe pachete, citiți mai multe despre Software Peer Review.

Versiuni noi

Următoarele unsprezece pachete au avut o actualizare de la ultimul buletin informativ: pkgmatch (v0.4.0), rsi (v0.3.0), șarlatan (v0.6.1), git2r (v0.35.0), nodbi (v0.10.7), rgbif (v3.8.1), riem (v0.3.2), ruODK (v1.5.0), spatsoc (v0.2.6), ținte (1.8.0), și tidyhydat (v0.7.0).

Revizuirea software-ului

Există treisprezece trimiteri recent închise și active și 6 trimiteri în așteptare. Problemele se află în diferite etape:

Aflați mai multe despre Software Peer Review și despre cum să vă implicați.

Pe blog

Apeluri pentru contribuții

Apel pentru menținători

Dacă sunteți interesat să întrețineți oricare dintre pachetele R de mai jos, s-ar putea să vă bucure să citiți postarea noastră de blog Ce înseamnă întreținerea unui pachet?.

Apeluri pentru contribuții

Consultați, de asemenea, pagina noastră de ajutor – înainte de a deschide un PR, vă recomandăm să întrebați în problemă dacă mai este nevoie de ajutor.

Colț de dezvoltare a pachetelor

Câteva sfaturi utile pentru dezvoltatorii de pachete R. 👀

Folosind testarea bazată pe proprietăți în R

Doriți să adăugați mai multe variante la cazurile dvs. de testare? Nu ratați postarea lui Etienne Bacher Utilizarea testării bazate pe proprietăți în R, unde explică „Testarea bazată pe proprietăți este o modalitate de testare în care dăm intrări aleatorii funcției pe care vrem să o testam și vrem să ne asigurăm că, indiferent de intrări, rezultatul va respecta unele proprietăți.”. Postarea include exemple.

Funcții utile pentru compararea versiunilor

Dacă trebuie să comparați versiunile din codul dvs., de exemplu versiunea instalată și versiunea la care a fost adăugată o caracteristică, aceste două funcții s-ar putea dovedi utile:

Creați și utilizați o etichetă roxygen2 personalizată

Într-o postare pe blog, Maëlle Salmon descrie cum să creați și să utilizați o etichetă roxygen2 simplă personalizată care adaugă o secțiune la fișierul Rd.

Ultimele cuvinte

Multumesc pentru lectura! Dacă doriți să vă implicați în rOpenSci, consultați Ghidul nostru de contribuții, care vă poate ajuta să vă direcționați către locul potrivit, indiferent dacă doriți să faceți contribuții de cod, contribuții fără cod sau să contribui în alte moduri, cum ar fi partajarea cazurilor de utilizare. Ne puteți susține munca și prin donații.

Dacă nu v-ați abonat încă la newsletter-ul nostru, o puteți face prin intermediul unui formular. Până când va veni timpul pentru următorul nostru buletin informativ, puteți ține legătura cu noi prin intermediul site-ului nostru web și al contului Mastodon.