În perioada 23-25 aprilie 2025, am găzduit primul curs de microbiom bioconductor din Brazilia, un atelier de trei după-amiază organizat la Programul Post-Aducat de Bioinformatici Interunits la Universitatea Federală din Minas Gerais (UFMG) (Link) din BELO Horizonte. Atelierul a reunit 24 de participanți entuziaști, de la studenți de licență la profesori plini, toți dornici să -și aprofundeze cunoștințele despre analiza datelor de microbiom folosind R și bioconductor.
Am fost onorați să -l întâmpinăm pe profesor Leo Lahtiun dezvoltator bioconductor de la Universitatea din Turku, Finlanda, care a condus cursul. I s -a alăturat studenții locali João Pedro P. de Almeida și eu, eu, Izabela Mamedeîn calitate de co-instructor, oferind instruire practică și perspective pe tot parcursul atelierului.
Cursul a acoperit fundamentele analizei datelor microbiomului, cu sesiuni practice axate pe utilizarea cadrului bioconductor documentat în cartea online Orchestrarea analizei microbiomului cu bioconductor pentru manipularea datelor, vizualizarea și modelarea statistică. Participanții au învățat cum să manipuleze, să vizualizeze și să modeleze statistic datele de microbiom folosind instrumente bazate pe R, dobândind abilitățile de integrare a fluxurilor de lucru bioconductor în propriile lor cercetări. Bioconductor este o comunitate globală open-source, cu un accent deosebit pe programarea statistică și integrarea datelor multi-OMIC în științele vieții.
Mai mulți participanți au călătorit din alte state braziliene pentru a se alătura atelierului, subliniind interesul național din ce în ce mai mare pentru analiza datelor microbiomului și instrumentele bioconductoare.
🔍 Repere atelier de atelier
Studenții s -au bucurat în special de sesiuni pe:
- Alocare taxonomică
- Asemănarea comunității
- Vizualizarea datelor
Cursul a urmat cele mai bune practici în educația științei datelor, inspirate de modelul Carpentries și a fost condus de doi instructori de tâmplărie bioconductor. Atât profesorul Leo Lahti, cât și Izabela Mamede au fost printre cei 31 de instructori instruiți în ultimii doi ani ca parte a acestei inițiative. Citiți mai multe în actualizarea Bioconductor Carpentries.
O mulțumire mare tuturor celor care au făcut posibil acest eveniment, în special șefii programului de bioinformatică, profesorii Flávia Aburjaile și Raquel Minardi, profesorul Glória R. Franco, care a ajutat la înființarea și organizarea atelierului, co-structorii João Paulo P. de Almeida și Izabela Momamede, participanții la Finland, și Profesorul Leo Lahti și Izabela, care se ocupă de Finland, și profesorul Leo Laht Brazilia să predea cursul. Evenimentul, precum și metodologia diseminată, au fost susținute de Programul de cercetare și inovare Orizont 2020 al Uniunii Europene FindPheno (Grant 952914).
Sperăm că acest atelier servește ca un pas pentru colaborări viitoare și cercetări în analiza datelor microbiomului în Brazilia și nu numai.
💬 Continuați conversația pe Zulip!
Pentru a rămâne conectat și a continua conversația:
- Alătură -te
#miaversecanal, dedicat cadrului pe care l -am folosit în cursul (cum ar fi (arbore) sumarizatExperiment pentru microbiom). Acest lucru se potrivește direct metodologiei cursului și este un loc bun pentru întrebări specifice și învățare partajată. - Alătură -te
#microbiome_metagenomeCanal pentru discuții mai largi microbiome. Acest lucru este mai util pentru construirea comunității generale și conectarea cu cercetătorii dincolo de cohorta de curs.
👉 Vă puteți alătura conversației la https://chat.bioconductor.org
© 2025 Bioconductor. Conținutul este publicat sub licență Creative Commons CC-BY-4.0 pentru licența de text și BSD 3-clauză pentru orice cod. | R-BLOGGERS
