Ce diferență poate face un loc sponsorizat la un curs de bioinformatică? Pentru unii cercetători, înseamnă acces la formarea pe care altfel s-ar lupta să și-o permită. Pentru alții, este o oportunitate de a explora un domeniu nou, de a lucra prin metode analitice necunoscute sau de a găsi noi modalități de a aborda o întrebare de cercetare existentă.
Prin colaborarea Bioconductor-Physalia, Physalia oferă două locuri gratuite la cursuri eligibile cercetătorilor din țările cu venituri mici și medii (LMIC). Managerul comunității Bioconductor coordonează procesul de aplicare și lucrează cu copreședinții Comitetului de Formare la selectarea participanților, în timp ce Bioconductor ajută la promovarea cursurilor prin canalele comunitare. Între noiembrie 2025 și octombrie 2026, programul a oferit 18 locuri sponsorizate în nouă cursuri, acoperind subiecte variind de la ARN-seq și proteomică la analiza microbiomului, epigenomică și biologia rețelei.
Scopul este de a face formarea specializată mai accesibilă pentru cercetătorii care altfel ar putea rata aceste oportunități. Am întrebat participanții ce au considerat util despre cursurile lor și cum plănuiesc să folosească ceea ce au învățat. Răspunsurile lor oferă o privire asupra diferitelor moduri în care formarea se conectează cu munca lor.
Facerea antrenamentului accesibil
Accesul a fost o temă recurentă în feedback. Pentru Blessing Chioma Oselu, doctorand și asistent de cercetare în bioinformatică la Covenant University din Nigeria, a avut ocazia de a participa la Analiza ARN-seq unicelulare cu R/Bioconductor cursul a însemnat să învețe direct de la experți și să aibă materiale structurate la care să revină ulterior.
„Accesul la predarea expertă și materialele structurate au fost cele mai valoroase părți pentru mine”, a scris ea.
Blessing plănuiește să continue să lucreze la sesiunile înregistrate în propriul ritm. Pentru cercetătorii care echilibrează formarea cu alte angajamente, posibilitatea de a revizui materialele de curs poate fi la fel de utilă ca și participarea la sesiunile live.
Un alt participant, din Benin, a venit la Analiza datelor epigenomice curs fără experiență anterioară în materie. Examenele pas cu pas ale metodelor, inclusiv ChIP-seq și ATAC-seq, au ajutat să facă materialul mai ușor de gestionat.
„Am părăsit cursul la un nivel clar mai înalt decât am început și mă simt pregătit să lucrez cu propriile mele date atunci când va veni momentul”, a reflectat participantul.
Ei au remarcat, de asemenea, că oportunitățile ca aceasta sunt rare acolo unde se bazează și că sprijinul din partea Bioconductor și Physalia a făcut o diferență reală.
Reluarea metodelor noi la cercetare
Participanții au descris, de asemenea, modul în care formarea se referă la întrebările la care lucrau deja sau sperau să le exploreze.
Pentru Amira MF Abozaid, doctorand și lector asistent la Universitatea Alexandria și E-JUST din Egipt, Analiza datelor ARN-seq cu R/Bioconductor cursul a oferit o înțelegere mai profundă a fluxului de lucru ARN-seq, de la controlul calității și normalizarea până la exprimarea și vizualizarea diferențială.
Amira a scris că a început deja să aplice fluxurile de lucru în proiectele sale de genomică a cancerului și să împărtășească abilitățile cu colegii și studenții din instituțiile ei de acasă.
Alți participanți s-au uitat la diferite aplicații. Idris Ishola Adejumobi, cercetător asociat la Institutul Internațional de Agricultură Tropicală din Nigeria, a descris modul în care Analiza datelor epigenomice Cursul și-a extins înțelegerea asupra modului în care variația epigenetică poate influența trăsăturile complexe și poate completa informațiile genomice în îmbunătățirea culturilor. El a identificat, de asemenea, pregătirea ulterioară în integrarea datelor epigenomice, genomice și transcriptomice ca un următor pas util pentru cercetarea agricolă și de ameliorare a plantelor.
Rabiath Adigoun, cercetător postdoctoral la Universitatea din Abomey-Calavi din Benin, a subliniat relevanța Orchestrarea analizei microbiomului cu bioconductor la cercetările ei în curs și viitoare privind microbiomul plantelor.
„Experiența și abilitățile metodologice pe care le-am dobândit vor întări substanțial cercetările mele în curs și viitoare privind microbiomul plantelor din Benin și din întreaga Africa”, a scris ea.
Sally Karimi Kinyua, asistent de cercetare cu sediul în Kenya, a participat la cursul Analiza rețelei în biologia sistemelor cu R/Bioconductor. Ea speră să aplice ceea ce a învățat despre rețelele de gene la cercetarea mutațiilor asociate cu rezistența la malarie. Sally a evidențiat, de asemenea, modul în care locul sponsorizat i-a oferit acces la cursuri de formare care altfel nu ar fi fost la îndemână din cauza resurselor limitate.
Aceste exemple acoperă domenii diferite, dar tema de bază este similară: participanții caută modalități de a conecta metodele de calcul cu întrebările biologice la care doresc să răspundă.
Învățați să lucrați cu date necunoscute
Uneori, ceea ce contează cel mai mult este să găsești o cale către un subiect care inițial pare dificil.
Un participant la Metode statistice pentru metatranscriptomică Cursul a descris modul în care sesiunile practice au ajutat să facă concepte complexe mai ușor de urmat. Ei au apreciat în mod deosebit explicațiile terminologiei fundamentale înainte de a trece la un material mai tehnic.
De asemenea, cursul le-a introdus în modalități de analiză a datelor privind expresia genelor microbiene folosind instrumente de calcul și fluxuri de lucru reproductibile. Venind dintr-o diplomă de licență, ei au descris-o ca fiind una dintre primele expuneri mai profunde la acest domeniu al bioinformaticii.
Un alt participant, Binod Rayamajhee, cercetător la Institutul de Cercetare pentru Științe Biologice Kathmandu din Nepal, a evidențiat combinația cursului de predare conceptuală și muncă practică cu instrumente Bioconductor.
Formarea se referă direct la munca sa în analiza datelor microbiomului și anticipează aplicarea metodelor pentru a studia interacțiunile gazdă-microb în modelele de boli intestinale.
Binod speră, de asemenea, să împărtășească ceea ce a învățat prin ateliere și mentorat individual cu colegii și cercetătorii juniori, în special cei care lucrează în medii cu resurse limitate.
Continuând conversația
Feedback-ul colectat până acum ne oferă o idee mai bună despre ceea ce prețuiesc participanții la formarea specializată în bioinformatică. Predarea expertă și materialele bine organizate contează, la fel și exercițiile practice care fac metodele necunoscute mai ușor de abordat. La fel de important, participanții doresc să conecteze ceea ce învață cu propria lor cercetare.
Dorim să mulțumim tuturor celor care și-au împărtășit reflecțiile, alături de instructorii și organizatorii care au contribuit la cursuri. De asemenea, am dori să mulțumim Laurei Nyasita Ondari pentru că a ajutat la promovarea acestor oportunități prin canalele de socializare ale Bioconductor.
Sperăm să auzim din nou de la participanți în timp ce își pun noile abilități în practică. Între timp, experiențele lor oferă o reamintire utilă de ce contează accesul la formare: le oferă cercetătorilor mai multe oportunități de a învăța metode noi, de a-și explora întrebările de cercetare și de a contribui la comunitățile științifice din jurul lor.
Pentru lista completă a cursurilor și atelierelor Physalia, vă rugăm să vizitați www.physalia-courses.org. Pentru a afla mai multe despre colaborare, explorați listele de cursuri Bioconductor-Physalia, inclusiv cursurile viitoare și cum să aplicați pentru un loc sponsorizat.
Sunteți interesat să dezvoltați sau să predați un curs legat de bioconductor? Physalia salută ideile de la potențiali instructori și este bucuroasă să discute posibile subiecte, conținut și formate. Luați legătura cu Physalia pentru a explora o idee.
Acest articol este publicat și pe site-ul Physalia.
