rOpenSci News Digest, octombrie 2026

Dragi prieteni rOpenSci, este timpul pentru turul nostru lunar de știri! Puteți citi această postare pe blogul nostru. Acum haideți să ne aprofundăm în activitatea de la și în jurul rOpenSci!

rOpenSci HQ

Actualizare echipei: mulțumesc Mark Padgham!

Mark Padgham părăsește rOpenSci la sfârșitul lunii octombrie, dar impactul său asupra rOpenSci va rămâne.

Mark s-a alăturat rOpenSci ca membru al personalului în decembrie 2019 pentru a ne ajuta să extindem evaluarea inter pares de software la subiecte statistice. Cu toate acestea, impactul lui Mark asupra rOpenSci a depășit cu mult acest proiect. Mark nu numai că a modelat modul în care rOpenSci revizuiește software-ul statistic, dar a construit și o mare parte din instrumentele care sprijină procesele de evaluare inter pares și pachete R care nu numai că sprijină, dar și întăresc comunitatea noastră. Dacă ați trimis un pachet la rOpenSci, ați revizuit sau editat unul, aproape sigur ați folosit ceva ce a făcut Mark!

Citiți mai multe despre munca lui în postarea noastră de pe blog și luați în considerare să vă alăturați sărbătorii noastre de rămas bun de miercuri, 28 octombrie, la ora 15:00 Europe Central.

Actualizare Programul Campionilor

Cohorta noastră actuală 2026-2027 lucrează la proiectele lor privind dezvoltarea pachetelor și evaluarea de către colegi a pachetului. Am sărbătorit prima noastră întâlnire de cohortă (în două întâlniri diferite pentru a se adapta fusurilor orare) în care participanții și-au împărtășit progresul și au primit feedback de la alți campioni.

Cohorta 2025–2026 și-a încheiat călătoria cu un apel comunității de încheiere, Más Allá del Código: muestra abierta de los proyectos de nuestros campeon(a|e)s (Dincolo de cod: o vitrină deschisă a proiectelor campionilor noștri). La apel, Campionii și-au prezentat proiectele finale, de la crearea, îmbunătățirea și revizuirea pachetelor R până la munca de informare care a adus acele proiecte în comunitățile lor. De asemenea, au împărtășit la ce au condus proiectele lor, inclusiv burse, noi colaborări și creștere profesională. Înregistrarea și subtitrările, toate în spaniolă, au fost publicate.

Mai mulți campioni și mentori se vor alătura LatinR 2026 din Medellín, Columbia, pentru a-și prezenta munca în timpul programului și pentru a participa la HackeaR, evenimentul hackathon în care vom lucra la probleme, traduceri și solicitări de tragere pe baza R și pe pachetele și resursele rOpenSci.

Dacă ești prin preajmă, vino și alătură-te nouă!

Actualizări R-Universe

🧬 Am făcut progrese bune în migrarea Bioconductorului la infrastructura R-Universe, vezi și această prezentare a lui Sean Davis. Printre altele, pachetele din „experimentul”, „fluxurile de lucru” și „cărțile” Bioconductor au fost adăugate la bioc.r-universe.dev și bioc-release.r-universe.dev. Pentru a sprijini acest lucru, R-Universe are acum o categorie specială de pachete „de date”, care primesc o limită de dimensiune mai mare, dar sunt construite și verificate doar pe Linux.

🚀 Cu aproximativ 3000 de pachete, Bioconductor este de departe cel mai mare univers, așa că pe parcurs am realizat zeci de îmbunătățiri de performanță pentru frontend și server, făcând paginile și depozitele să se încarce mai rapid pentru fiecare univers. Rămâneți pe fază pentru o postare de blog dedicată despre starea tranziției Bioconductor înainte de sfârșitul anului!

Quinceañera

Continuăm să descoperim poveștile oamenilor din spatele rOpenSci. Luna aceasta, Mauro Lepore ne povestește despre călătoria sa cu rOpenSci și împărtășește lecțiile învățate care pot fi aplicate dincolo de comunitatea noastră.

De asemenea, împărtășim o recapitulare a evenimentelor sincrone pe care le-am desfășurat, în care am discutat despre trecutul, prezentul și viitorul rOpenSci cu oamenii care ni s-au alăturat pentru a sărbători acești 15 ani.

Rămâneți pe fază pentru mai multe povești ale lui rOpenSci.

Coworking

Citește totul despre coworking!

• Marți, 3 noiembrie, 09:00 Australia Western (01:00 UTC) „Climate Science in R”, cu Steffi LaZerte și co-gazda Elio Campitelli.
  • Explorați modul în care R este folosit pentru a studia clima
  • Faceți cunoștință cu co-gazda, Elio Campitelli, și discutați despre știința climei în R
• marti 8 decembrie^*14:00 Europe Central (12:00 UTC) „Code Linting in R”, cu Steffi LaZerte și co-gazda Etienne Bacher.
  • Citiți mai multe despre Code Linting și aplicați câteva linters codului dvs. R
  • Faceți cunoștință cu co-gazda, Etienne Bacher, și discutați despre codul în general, sau despre flir și Jarl în special
    * Rețineți că coworkingul din decembrie este mai târziu cu o săptămână decât de obicei

Și amintiți-vă, puteți oricând să colaborați independent la munca legată de R, să lucrați la pachete care tind să fie neglijate sau să lucrați la ceea ce aveți nevoie pentru a realiza!

Software 📦

Următoarele trei pachete au devenit recent parte din suita noastră de software:

• ibger, dezvoltat de André Leite împreună cu Marcos Wasiliew, Hugo Vasconcelos, Carlos Amorim și Diogo Bezerra: interfață prietenoasă cu Tidyverse către API-ul de date agregate al Institutului Brazilian de Geografie și Statistică (IBGE) https://servicodados.ibge.gov.br/api/docs/agregados?versao=3. Interogați agregate, variabile, localități, perioade și metadate din anchetele și recensămintele efectuate de IBGE. A fost revizuit de Allan Quadros și Diana García-Cortés.

• rcrisp, dezvoltat de Claudiu Forgaci împreună cu Francesco Nattino: Oferă instrumente pentru automatizarea delimitării morfologice a zonelor urbane de pe râu pe baza unei metode introduse în Forgaci (2018) https://doi.org/10.7480/abe.2018.31. Delimitarea implică identificarea limitelor coridorului, segmentarea coridorului și delimitarea spațiului fluvial folosind informații spațiale bidimensionale din datele rețelei stradale și datele digitale de cotă într-un CRS proiectat. Delimitarea rezultată poate fi utilizată pentru a caracteriza fenomene spațiale care pot fi legate de râu ca element central. A fost revizuit de Mark Padgham și Anatolii Tsyplenkov.

• coevolve, dezvoltat de Scott Claessens împreună cu Erik Ringen: Fit Bayesian generalized dynamic phylogenetic models using Stan or JAX. Pachetul permite unui număr arbitrar de variabile cu distribuții de răspuns diferite să coevolueze pe un arbore filogenetic printr-un proces evolutiv Ornstein-Uhlenbeck, permițând utilizatorilor să evalueze direcționalitatea dintre variabilele coevolutive. Backend-ul JAX opțional permite eșantionarea de înaltă performanță cu NumPyro și accelerarea potențială a GPU prin reticulate. A fost revizuit de Rob Moss și Krzysztof Bartoszek.

Descoperiți mai multe pachete, citiți mai multe despre Software Peer Review.

Versiuni noi

Următoarele șaisprezece pachete au avut o actualizare de la ultimul buletin informativ: coevolve (v1.2.1), ruODK (v1.6.3), pkgcheck (v0.3.4), rcrisp (v1.0.0), pkgstats (v0.2.5), openalexR (v3.1.2), webchem (v2.0.0), ReLTER (V3.1.2), reddap (v1.3.1), ibger (v0.2.1), rgbif (v3.9.0), rglobi (v0.3.5), Lakefetch (v0.1.14), visdat (v0.6.1), vremeOz (v3.0.1), și nlrx (v0.4.6).

Revizuirea software-ului

Există șaptesprezece trimiteri recent închise și active și 4 trimiteri în așteptare. Problemele se află în diferite etape:

• Trei la „6/aprobat”:

• Unul la „5/waiting-reviewer(s)-response”:

• Două la „4/review(e)-in-waiting-changes”:

• Două la „3/recenziator(i)-alocate”:

• Două la „2/recenzător(i) în căutare”:

• Șapte la „1/editor-checks”:

  • ocean3d, Analiză spațială marină tridimensională. Trimis de Jay Matsushiba.

  • emodnet.wcs, accesați datele Serviciului de acoperire web EMODnet prin R. Trimis de Maëlle Salmon.

  • qualtdict, Generați dicționare variabile și date de sondaj etichetate pentru. Trimis de lyh970817.

  • tarpolyglot, Run Python, Julia, Rust și C++ Inside vizează Pipeline Steps. Trimis de Pierre9344.

  • seasight, Instrumente pentru diagnosticarea și raportarea ajustării sezoniere. Trimis de Philipp Wegmueller. (Statistici).

  • OptSurvCutR, Optimal Survival Cut-Point Discovery pentru analiza timpului până la eveniment cu OptSurvCutR. Trimis de Payton Yau. (Statistici).

  • HydraR, Stateful Agentic Orchestration pentru reproductibilitate științifică. Trimis de Ignatius Pang.

Aflați mai multe despre Software Peer Review și despre cum să vă implicați.

Pe blog

Revizuirea software-ului

Apeluri pentru contribuții

Apel pentru menținători

Dacă sunteți interesat să întrețineți oricare dintre pachetele R de mai jos, s-ar putea să vă bucure să citiți postarea noastră de blog Ce înseamnă întreținerea unui pachet?.

Apeluri pentru contribuții

Consultați pagina noastră de ajutor – înainte de a deschide un PR, vă recomandăm să întrebați în problemă dacă mai este nevoie de ajutor.

Colț de dezvoltare a pachetelor

Câteva informații utile pentru dezvoltatorii de pachete R. 👀

Un spațiu sigur pentru a învăța cum să faci cereri de tragere

Jonathan Carroll a creat și a scris despre un depozit de pachete care este deschis pentru PR de către începători. Este un loc de joacă pentru a învăța cum să creezi solicitări de tragere. Este, de asemenea, o inspirație pentru întreținerii pachetelor care doresc să încurajeze noi contribuitori!

„Publicul meu țintă pentru acest depozit sunt oamenii care își doresc să aibă unde să trimită o cerere de extragere reală, deoarece încă nu se simt confortabil să participe la software open source.”

Verificați dacă există modificări globale ale stării în testul dvs. care testează

Știați despre testthat::set_state_inspector()? Dacă îl utilizați înregistrând unele lucruri pe care nu doriți să le modificați (variabilele de mediu, de exemplu), se rulează înainte și după fiecare test și raportează dacă există vreo discrepanță în starea globală. Iată cum este folosit în VCR:

testthat::set_state_inspector(() {
 temp_files <- dir(tempdir())
 temp_files <- temp_files(!grepl("^callr", temp_files))
 temp_files <- temp_files(!grepl("^webfakes", temp_files))

 list(
 temp_files = temp_files,
 wd_files = dir(),
 vcr_config = the$config
 )
})

Steffi LaZerte a observat funcția din materialele de atelier ale lui Hadley Wickham și Jenny Bryan pe care Mauro Lepore le-a împărtășit în spațiul nostru de lucru Slack.

Folosind just pentru a rula un subset de teste

Apropo de teste… Știați că funcția de testare testthat are a filter argument pentru a rula numai teste care se potrivesc cu un șir dat? Etienne Bacher a scris un mic post frumos despre utilizarea just instrument de linie de comandă pentru a genera aliasuri pentru a rula cu ușurință un subset de teste folosind acest filtru.

Postarea menționează și alte cazuri de utilizare ale justde exemplu definirea just lint pentru a rula Jarl în directorul curent.

Git hashes

Știți că Git intenționează să își schimbe algoritmul de hashing al conținutului? Iată o postare bună a lui Scott Chacon, autorul cărții Pro Git, despre de ce este important și ar putea fi problematic.

Ultimele cuvinte

Multumesc pentru lectura! Dacă doriți să vă implicați în rOpenSci, consultați Ghidul nostru pentru contribuții. Acest ghid vă va ajuta să vă direcționați către locul potrivit, indiferent dacă doriți să faceți contribuții de cod, contribuții fără cod sau să contribui în alte moduri, cum ar fi partajarea cazurilor de utilizare. Ne puteți susține munca și prin donații.