Bioconductor și GGPLOT2 4.0.0: Ce se schimbă și cum se pregătește

Ce ar trebui să facă dezvoltatorii acum

Vă puteți testa pachetul împotriva versiunii de dezvoltare a ggplot2 folosind:

# install.packages("pak")
pak::pak("tidyverse/ggplot2")

Vă recomandăm testarea într -un mediu izolat folosind {renv} Pentru a evita interacțiunile neașteptate cu pachetele dvs. existente.

Dacă găsiți probleme:

Probleme comune deja raportate

• Verificări de clasă: Teste care se bazează pe structuri exacte de clasă precum class(p) sau expect_type(p, "list") acum poate eșua. În schimb, folosiți expect_true(is_ggplot(p)) sau expect_s3_class(p, "ggplot") pentru compatibilitate. Vezi #6498.
• Manipularea etichetelor: Etichetele sunt acum mai stricte și construite mai târziu în etapa de construire. Utilizare get_labs() în teste și evitați argumentele fără nume sau duplicate labs(). Vezi #6505.
• Metode personalizate +: Pachete care definesc operatori personalizați + (de exemplu, +.gg) poate avea nevoie să -și revizuiască implementarea, în special cu utilizarea mixtă a clasei S3/S7. Vezi #6504.
• Proprietăți ale elementului nevalid: Cu adopția clasei S7, constructori de elemente precum element_text() Acum impuneți verificări de tip mai stricte (de exemplu, nu este adevărat pentru familie, fără culori zecimale). Remediați proprietățile incorecte din pachetul dvs. Vezi #6507.
• Consistența metodei S3: Generice ca ggplot_build() şi ggplot_add() acum include ... Metodele dvs. trebuie să o includă, chiar dacă este neutilizată, pentru a evita avertismentele. Vezi #6515.

Acestea evoluează, dacă ceva pare rupt, merită să verificați pagina de probleme GGPLOT2 pentru actualizări înainte de a deschide una nouă.

Echipa de bază a bioconductorului a efectuat, de asemenea, teste automate pe un subset de pachete pentru a ajuta problemele să observe mai devreme. Datorită constrângerilor de resurse, aceasta acoperă în prezent doar o parte din ecosistem, așa că este încă important pentru dezvoltatori să -și testeze propriile pachete.

Modul în care pot fi afectate pachetele bioconductoare

Am compilat o listă de pachete din Bioconductor 3.21 care declară ggplot2 în Depends, Importssau Suggests:

library(BiocManager)
library(tidyverse)
library(reactable)

repos <- repositories(version = "3.21")
bioc_repos <- repos(grepl("BioC", names(repos)))
db <- available.packages(contrib.url(bioc_repos))

pkg_df <- as_tibble(db) %>%
  mutate(
    ggplot2_usage = case_when(
      grepl("ggplot2", Depends) ~ "Depends",
      grepl("ggplot2", Imports) ~ "Imports",
      grepl("ggplot2", Suggests) ~ "Suggests",
      TRUE ~ NA_character_
    )
  ) %>%
  filter(!is.na(ggplot2_usage)) %>%
  select(Package, ggplot2_usage) %>%
  arrange(Package)

reactable(
  pkg_df,
  searchable = TRUE,
  filterable = TRUE,
  columns = list(
    Package = colDef(name = "Package"),
    ggplot2_usage = colDef(name = "ggplot2 Usage")
  ),
  defaultSorted = "Package",
  striped = TRUE,
  bordered = TRUE,
  highlight = TRUE,
  defaultPageSize = 20,
  showPageSizeOptions = TRUE,
  compact = TRUE
)

Nota: Nu toate aceste pachete vor fi la fel de afectate. De fapt, multe pachete bioconductoare folosesc ggplot2 în moduri simple (de exemplu, pentru a crea parcele standard folosind ggplot() şi geom_*()), care este puțin probabil să se rupă. Pachetele cele mai expuse riscului sunt cele care definesc geom -uri personalizate, teme sau modifică intern ggplot2 comportament.

Un total de 985 de pachete în bioconductor 3.21 declară ggplot2 ca dependență: 91 în Depends722 in Importsși 172 în Suggests.

Pachete enumerate sub Depends sau Imports sunt mai susceptibili să folosească ggplot2 În funcționalitatea lor principală, astfel încât utilizatorii și dezvoltatorii pot vedea ruperea. Cele enumerate sub Suggests de obicei utilizați doar ggplot2 În exemple opționale sau viniete și poate să nu fie afectate decât dacă aceste caracteristici sunt rulate.

De ce acest lucru ar putea rupe codul dvs.

Bioconductor are două versiuni programate pe an, iar versiunile respective sunt fixate în mare parte odată lansate. Dar pachetele de cran precum ggplot2 Actualizați mai frecvent, iar aceste actualizări pot rupe ocazional pachetele bioconductor, mai ales dacă instalați noua versiune înainte ca pachetele Bioconductor să aibă șansa de a se adapta. În unele cazuri, dezvoltatorii își pot plasa pachetele în cadrul eliberării curente de bioconductor. Dar acest lucru nu este întotdeauna posibil, depinde de această problemă și dacă întreținerea are timp și capacitate de a se actualiza rapid.

Acest ggplot2 Actualizarea nu înseamnă că întreaga dvs. instalare se va rupe. În cele mai multe cazuri, doar unele funcționalități de complot ar putea înceta să funcționeze, sau parcele pot arăta diferite etichete sau teme care lipsesc.

Ce poți face

Dacă utilizați ggplot2fie direct, fie prin intermediul unui pachet bioconductor, această actualizare vă poate afecta.

Ruperea se poate întâmpla dacă tu:

• Alerga update.packages()
• Instalați un pachet Cran sau GitHub care atrage noul ggplot2
• Utilizați un manager de pachete precum {pak} Acest lucru actualizează automat dependențele

Pentru a evita perturbările:

• Rețineți actualizarea ggplot2 Până când ați testat că funcționează cu codul dvs. și pachetele pe care le utilizați.
• Puteți testa deja cu versiunea de dezvoltare, vezi mai jos.

Dacă codul dvs. funcționează așa cum este de așteptat, nu trebuie să acționați imediat. Dar testarea înaintea eliberării CRAN vă poate oferi încredere că totul va continua să funcționeze o dată ggplot2 4.0.0 a ieșit.

Cum să verificați dacă sunteți afectat

Versiunea de dezvoltare a GGPLOT2 (4.0.0) este deja disponibilă pentru testare folosind {PAK}. Eliberarea CRAN este de așteptat la jumătatea lunii iulie. Dacă nu sunteți sigur dacă să vă actualizați odată ce a ieșit, iată cum puteți testa configurarea curentă înainte de timp.

• Creați un mediu temporar sau izolat folosind {renv}
• Instalați versiunea de dezvoltare a ggplot2:

install.packages("pak")
pak::pak("tidyverse/ggplot2")

• Re-rulați codul și verificați că parcelele apar așa cum era de așteptat

Dacă se rupe ceva, puteți întotdeauna să vă întoarceți sau să vă mențineți la actualizare până la lansarea patch -urilor.

Instrumente de ajutor

Pentru a gestiona versiunile și a evita surprizele:

• Utilizare {renv} Pentru a instanta configurația dvs. curentă:

  # Create a reproducible project setup
  renv::init()
  renv::snapshot()

• Când actualizați, utilizați:

  update.packages(ask = TRUE)

Și ia în considerare sărituri ggplot2 Dacă nu ești sigur.