(Acest articol a fost publicat pentru prima dată pe Rstats – cuantificateși cu amabilitate a contribuit la R-bloggeri). (Puteți raporta problema legată de conținutul acestei pagini aici)
Doriți să vă distribuiți conținutul pe R-bloggeri? dați clic aici dacă aveți un blog, sau aici dacă nu aveți.
Aceasta este o scurtă postare pentru a anunța lansarea unui pachet R, VolcanoPlotR.
Fundal
Folosind proteomica, dorim adesea să comparăm două grupuri experimentale. O modalitate populară de a vizualiza această comparație este printr-o diagramă vulcanică, în care îmbogățirea proteinelor într-o condiție este spre dreapta și de-îmbogățirea lor (sau îmbogățirea lor în celălalt grup) este spre stânga. Axa y denotă valoarea p a comparației. Cu ani în urmă, am scris un pachet IGOR numit VolcanoPlot, pe care l-am folosit în munca noastră. Din diverse motive (vezi mai jos), acum am portat pachetul la R.
Caracteristici
Versiunea actuală preia o ieșire (sau mai multe ieșiri) de la MaxQuant, procesează datele și poate genera:
- Parcele Vulcanului
- Diagrame medii vs medii
- PCA
- Ieșirile de text ale analizei
Se foloseste {ggplot2} pentru grafică și, prin urmare, pot fi combinate cu ușurință cu alte parcele.
Câteva exemple
Există documentația completă disponibilă aici. Dar pe scurt:
Pachetul poate fi instalat în mod obișnuit.
# install.packages("pak")
pak::pak("quantixed/VolcanoPlotR")
Există un exemplu de fișier în pachet care poate fi folosit pentru testare.
library(VolcanoPlotR)
# get the path to the proteinGroups.txt file included in the package
filepath <- system.file("extdata", "proteinGroups.txt", package = "VolcanoPlotR")
# get the filename fromt the path
filename <- basename(filepath)
# get the directory name
filedir <- dirname(filepath)
# run the automated procedure we will also tell it which groups to compare so
# we don't have to select them interactively
workflow_maxquant(file = filename, datadir = filedir,
group1 = "WT", group2 = "Control")
Care dă următorul grafic vulcan:
Acest complot poate fi stilizat în mai multe moduri de către pachet, dar și restilizat folosind ggplot.
Mai degrabă decât acest flux de lucru automatizat, datele pot fi încărcate, procesate și utilizate în alte funcții:
df <- load_maxquant(file = filename, datadir = filedir) df <- process_maxquant(df, group1 = "WT", group2 = "Control") # same output as the automated workflow volcano_plot_maxquant(df) # mean-mean plot with no labelling mean_plot_maxquant(df) # PCA plots to show the structure of the data pca_plot_maxquant(df) pca_plot_maxquant(df, by_protein = TRUE)
De ce să scrieți un pachet R pentru parcelele vulcanilor?
Cel mai bun instrument pentru analiza datelor MaxQuant este programul Windows Perseus. Oricât de minunat este Perseus, grafica lui este groaznică. Acest lucru m-a determinat să scriu VolcanoPlot pentru IGOR cu ani în urmă. Cealaltă motivație a fost că voiam să mă asigur că analiza este corectă (am simțit atunci că Perseus era prea „cutie neagră”, dar nu mai susțin această părere). R este limbajul principal pe care îl folosim în laborator în aceste zile și deoarece IGOR este sursă închisă și nu mai este dezvoltat pentru Mac, am portat VolcanoPlot la R.
Am scris cu ceva timp în urmă despre cum aș putea recrea aspectul lui VolcanoPlot în R, iar următorul pas logic a fost să facem un pachet, astfel încât să nu ne mai bazam pe VolcanoPlot. Potențial, VolcanoPlotR ar putea fi extins într-un înlocuitor complet al Perseus, mai ales că PerseusR a fost abandonat.
Este adevărat că există mai multe pachete R acolo, așa că de ce să scrieți altul. Există {EnhancedVolcano} și analiza datelor proteomice disponibile în Bioconductor, precum și în aplicația strălucitoare a lui Joachim Goedhart. Niciuna dintre acestea nu se potrivește nevoilor noastre, de exemplu, VolcanoPlotR va combina mai multe seturi de date MaxQuant și, de asemenea, am fost dornic să păstrez aspectul graficii noastre același pentru coerența între lucrări.
—
Titlul postării provine din „Erupție” de Van Halen de pe albumul Van Halen. Este un instrumental Eddie Van Halen care a rupt spiritul multor tineri chitaristi care au încercat să cânte.
