More

    NVIDIA revoluționează analiza genomului

    NVIDIA revoluționează analiza genomului. Cecertătorii de la NVIDIA și Harvard au făcut o descoperire uriașă în cercetarea genetică.

    NVIDIA revoluționează analiza genomului

    Cercetătorii Harvard colaborează cu cercetătorii Nvidia la identificarea biomarkerilor pentru boli precum Alzheimer sau cancer. Au dezvoltat un set de instrumente de învățare profundă. Acesta este capabil să reducă semnificativ timpul și costurile necesare pentru a rula experimente rare și cu o singură celulă.

    Potrivit unui studiu publicat în Nature Communications, setul de instrumente AtacWorks poate face inferență asupra unui întreg genom. Procesul care durează în mod normal puțin peste două zile, poate fi scurtat la doar o jumătate de oră. Acest lucru este posibil datorită GPU-urilor Tensor Core NVIDIA.

    AtacWorks lucrează cu ATAC-seq, o metodă bine stabilită concepută pentru a găsi zone deschise în genomul celulelor sănătoase și bolnave. Aceste „zone deschise” sunt subsecțiuni ale ADN-ului unei persoane care sunt utilizate pentru a determina și activa funcții specific.

    Aceasta este partea genomului unei persoane care ar putea oferi cercetătorilor indicații dacă o persoană ar putea avea Alzheimer, boli de inimă sau cancer.

    AtacWorks ar putea ajuta cercetătorii în descoperirea medicamentelor

    ATAC-seq necesită de obicei analiza a zeci de mii de cellule. Însă, AtacWorks este capabil să obțină aceleași rezultate folosind doar zeci de celule. Cercetătorii au aplicat, de asemenea, AtacWorks la un set de date de celule stem care produc celule roșii și albe din sânge.

    Aceste subtipuri de obicei nu pot fi studiate folosind metode tradiționale. Însă, cu AtacWorks, au reușit să identifice părți separate ale ADN-ului asociate cu celulele albe din sânge și respectiv celulele roșii din sânge.

    Abilitatea de a analiza genomul mai rapid și mai ieftin va contribui la identificarea mutațiilor specifice sau a biomarkerilor care ar putea duce la anumite boli. Ar putea chiar ajuta în descoperirea medicamentelor, ajutând cercetătorii să își dea seama cum funcționează boala.

    „Cu tipuri de celule foarte rare, nu este posibil să se studieze diferențele ADN-ului lor folosind metodele existente”, a declarat cercetătorul NVIDIA și autorul principal al lucrării Avantika Lal. „AtacWorks poate ajuta nu numai să reducă costurile colectării datelor de accesibilitate la cromatină, ci și să deschidă noi posibilități în descoperirea și diagnosticarea medicamentelor”.

    URMĂREȘTE-NE

    16,065FaniÎmi place
    1,142CititoriConectați-vă
    12,897AbonațiAbonați-vă

    Cele mai noi știri

    Pe același subiect

    Leave a reply

    Please enter your comment!
    Please enter your name here