În această ediție a Shiny Gatherings x Pharmaverse, am fost încântați să vă urăm bun venit Nina şi Donycercetători principali de date de la Genentech, pentru o sesiune perspicace despre construirea de aplicații de analiză a datelor clinice folosind cadrul {teal}.
Explorați modul în care {teal} și {pharmaverseadam} simplifică tablourile de bord clinice pentru informații mai rapide. Aflați cum aceste instrumente eficientizează gestionarea datelor, astfel încât să vă puteți concentra pe ceea ce contează.
Atât Nina, cât și Dony și-au împărtășit experiențele în R și dezvoltarea open-source în pharmaverse și ne-au ghidat prin {teal}, un cadru bazat pe R/Shiny, conceput pentru a simplifica explorarea datelor în cercetarea clinică și nu numai. Iată un rezumat al sesiunii, inclusiv demonstrații cheie și concluzii.
Urmăriți videoclipul:
Ce este {teal}?
{teal} este un cadru R/Shiny cu sursă deschisă, scalabil dezvoltat de Roche și Genentech și făcut ulterior open-source pentru a facilita explorarea interactivă a datelor. Deși a fost creat în principal pentru a sprijini analiza studiilor clinice, {teal} este suficient de robust pentru a gestiona, de asemenea, o gamă largă de cazuri de utilizare generale de explorare a datelor.
Unele caracteristici cheie din {teal} includ:
- Filtrare dinamică pentru explorarea personalizată a datelor
- * Reproductibilitatea codului prin generarea de cod încorporată
- *Generarea rapoartelor cu opțiuni ușoare de export
- Cadru modular pentru a spori reutilizabilitatea
* Când este acceptat de modul.
Cum funcționează {teal}: Anatomia unei aplicații {teal}
Nina a introdus structura de bază a unei aplicații {teal}, ghidând participanții prin anatomia componentelor aplicației:
- Antet: personalizat de dezvoltator pentru a afișa titlurile aplicațiilor sau linkurile de navigare.
- Panoul de filtrare: Permite filtrarea dinamică a seturilor de date, oferind utilizatorilor flexibilitate de a explora subseturi de date.
- Panoul de codificare: Permite utilizatorilor să configureze și să modifice modul în care variabilele sunt analizate și vizualizate.
- Panoul de ieșire: Afișează rezultatele (tabele, diagrame) pe baza selecțiilor utilizatorului.
- Afișați caracteristica codului R: Oferă codul R exact folosit pentru a genera ieșirile, ajutând la reproductibilitate.
- Modulul Reporter: permite utilizatorilor să genereze și să descarce rapoarte personalizate pe baza analizei lor.
Cadrul {teal} oferă blocuri de construcție modulare prin pachete R precum {teal.slice}, {teal.reporter} și {teal.widgets}, permițând utilizatorilor să creeze aplicații de date interactive, bogate în funcții, cu un efort minim.
Crearea unui modul personalizat {teal}: Atelierul lui Dony
Segmentul lui Dony sa concentrat pe dezvoltarea unui modul personalizat {teal} pentru a demonstra puterea cadrului. El a împărtășit șabloane de cod și a explicat conceptele cheie pas cu pas.
Shiny Gatherings x Pharmaverse: construirea de aplicații de analiză a datelor clinice cu {teal}
Pas cu pas: Modul personalizat {teal}
Iată o scurtă prezentare a ceea ce a demonstrat Dony în timpul webinarului:
- Inițializarea unei aplicații {teal}:
- Aplicația necesită trei elemente cheie: init(), date și module.
- Utilizatorii trebuie să definească un obiect {teal_data} pentru a specifica ce seturi de date să încarce.
Pentru ilustrare au fost folosite exemple de seturi de date precum iris și mtcars.
- Construirea unei aplicații simple:
- Dony a arătat cum să încărcați date într-o aplicație {teal} și să le afișați într-un tabel de date.
- El a adăugat filtrare dinamică pentru a permite utilizatorilor să exploreze seturile de date în mod interactiv.
- Îmbunătățirea aplicației cu un modul Plot:
- A fost introdusă o diagramă histogramă pentru a vizualiza variabilele continue.
- Folosind funcțiile de intrare (), utilizatorii pot comuta între seturile de date și pot ajusta lățimile bin pentru histogramă în mod interactiv.
- Activarea reproductibilității codului:
- Dony a demonstrat Arată codul R caracteristică prin integrarea unui buton care permite utilizatorilor să vadă și să copieze codul exact folosit pentru a-și genera analiza.
- Această caracteristică asigură transparenţă şi reproductibilitatea peste proiecte.
- Generarea de rapoarte cu {teal.reporter}:
- Dony a trecut prin modul de raportarepermițând utilizatorilor să salveze rezultate în formate R Markdown sau PNG.
- El a adăugat filtre personalizate la raport și a arătat cum să includă diagrame relevante și fragmente de cod.
Fiți din urmă la Shiny Gatherings #8 cu Paweł Rucki pentru a vedea cum {teal} stimulează inovația farmaceutică. Explorați perspectivele cheie și impactul acestora asupra gestionării datelor clinice.
Ce este nou cu Teal
Nina a încheiat sesiunea oferind informații despre viitor actualizări și îmbunătățiri pentru {teal}:
- Galeria Teal: O colecție de aplicații {teal} care prezintă diferite module și cazurile de utilizare ale acestora.
- teal_transform_module(): permite utilizatorilor să transforme datele în interfața aplicației, extinzând comportamentul modulului cu operațiuni personalizate aplicate în timpul încărcării și actualizărilor datelor.
- Îmbunătățiri UI/UX: Echipa lucrează la o revizuire vizuală pentru a face aplicațiile mai intuitive.
- Colaborare intersectorială: {teal} se extinde prin parteneriate, lucrând la noi module și îmbunătățiri.
Însumarea construirii aplicațiilor de date clinice cu teal
Shiny Gathering a oferit o scufundare profundă în capacitățile cadrului {teal}, evidențiind potențialul său de a simplifica analiza datelor clinice, asigurând în același timp reproductibilitatea și interactivitatea.
Indiferent dacă sunteți un utilizator experimentat R sau nou în Shiny, {teal} oferă o platformă robustă pentru crearea de aplicații analitice care răspund nevoilor în evoluție ale industriilor de sănătate și farmaceutice.
Asigurați-vă că explorați {teal} și începeți să vă construiți propriile module personalizate!
Biletele sunt încă disponibile pentru GxP Validation Summit, care este acum complet online și gratuit! Aflați mai multe și înscrieți-vă astăzi folosind acest link.
Resurse
Postarea a apărut mai întâi pe appsilon.com/blog/.
