Salut amiralmetabolic!

URMĂREȘTE-NE
16,065FaniÎmi place
1,142CititoriConectați-vă

(Acest articol a fost publicat pentru prima dată pe blogul pharmaverseși cu amabilitate a contribuit la R-bloggeri). (Puteți raporta problema legată de conținutul acestei pagini aici)


Doriți să vă distribuiți conținutul pe R-bloggeri? dați clic aici dacă aveți un blog, sau aici dacă nu aveți.


Introducere

Echipa ADaM în R Asset Library • admiral {admiral} sărbătorește cea mai nouă adăugare la familia de pachete de extensie cu lansarea Metabolism Extension Package pentru ADaM în R Asset Library • admiralmetabolic {admiralmetabolic} 0.1! Acest nou pachet se concentrează pe domeniile terapeutice ale obezității și metabolismului cardiovascular și a luat naștere dintr-o colaborare între Novo Nordisk și Roche, precum și un număr de colaboratori independenți. Pachetul de extensie a metabolismului pentru ADaM în R Asset Library • admiralmetabolic {admiralmetabolic} abordează o nevoie cheie nesatisfăcută în acest domeniu, având în vedere interesul din ce în ce mai mare pentru obezitate, diabet și metabolismul cardiovascular în întreaga industrie.

Conținutul pachetului

Pentru această primă versiune 0.1, Pachetul de extensie a metabolismului pentru ADaM în R Asset Library • admiralmetabolic {admiralmetabolic} se concentrează în primul rând pe indicația obezității. Pachetul ofera:

  • Date de testare SDTM specifice obezității (care vor fi mutate în Date de testare SDTM pentru familia de pachete Pharmaverse • pharmaversesdtm {pharmaversesdtm} la următoarea lansare a pachetului);
  • Două funcții noi: adaugă un parametru pentru raportul talie-înălțime — derive_param_waisthgt • admiralmetabolic admiralmetabolic::derive_param_waisthgt() și adaugă un parametru pentru raportul talie-șold — derive_param_waisthgt • admiralmetabolic admiralmetabolic::waisthgt() ;
  • Două vignete pentru semnele vitale ale obezității ADaM ADVS și un chestionar pentru controlul alimentației ADaM ADCOEQ;
  • Două programe șablon pentru ADVS și ADCOEQ care se potrivesc cu vignetele corespunzătoare.

Funcții noi

Prima funcție, Adaugă un parametru pentru raportul dintre talie și înălțime — derive_param_waisthgt • admiralmetabolic admiralmetabolic::derive_param_waisthgt() , este un înveliș pentru a adăuga un parametru calculat din valoarea de analiză a altor parametri — derive_param_computed • admiral_param_computed • admiral(param:_computed) utilizatorii de adăugat parametri derivați ai raportului talie la înălțime la semnele vitale ADVS ADaM folosind circumferința taliei și înregistrările înălțimii. Iată un exemplu de funcție în acțiune:

library(tibble)
library(admiral)
library(admiralmetabolic)

# Derive Waist to Height Ratio. In this example height is measured only once per subject.

advs <- tribble(
  ~USUBJID,      ~PARAMCD, ~PARAM,                     ~AVAL, ~AVALU, ~VISIT,
  "01-101-1001", "HEIGHT", "Height (cm)",              147,   "cm",   "SCREENING",
  "01-101-1001", "WSTCIR", "Waist Circumference (cm)", 110,   "cm",   "SCREENING",
  "01-101-1001", "WSTCIR", "Waist Circumference (cm)", 108,   "cm",   "WEEK 2",
  "01-101-1001", "WSTCIR", "Waist Circumference (cm)", 107,   "cm",   "WEEK 3",
  "01-101-1002", "HEIGHT", "Height (cm)",              163,   "cm",   "SCREENING",
  "01-101-1002", "WSTCIR", "Waist Circumference (cm)", 120,   "cm",   "SCREENING",
  "01-101-1002", "WSTCIR", "Waist Circumference (cm)", 118,   "cm",   "WEEK 2",
  "01-101-1002", "WSTCIR", "Waist Circumference (cm)", 117,   "cm",   "WEEK 3",
)

derive_param_waisthgt(
  advs,
  by_vars = exprs(USUBJID, VISIT),
  wstcir_code = "WSTCIR",
  height_code = "HEIGHT",
  set_values_to = exprs(
    PARAMCD = "WAISTHGT",
    PARAM = "Waist to Height Ratio"
  ),
  constant_by_vars = exprs(USUBJID),
  get_unit_expr = admiral::extract_unit(PARAM)
)
# A tibble: 14 × 6
   USUBJID     PARAMCD  PARAM                       AVAL AVALU VISIT    
   <chr>       <chr>    <chr>                      <dbl> <chr> <chr>    
 1 01-101-1001 HEIGHT   Height (cm)              147     cm    SCREENING
 2 01-101-1001 WSTCIR   Waist Circumference (cm) 110     cm    SCREENING
 3 01-101-1001 WSTCIR   Waist Circumference (cm) 108     cm    WEEK 2   
 4 01-101-1001 WSTCIR   Waist Circumference (cm) 107     cm    WEEK 3   
 5 01-101-1002 HEIGHT   Height (cm)              163     cm    SCREENING
 6 01-101-1002 WSTCIR   Waist Circumference (cm) 120     cm    SCREENING
 7 01-101-1002 WSTCIR   Waist Circumference (cm) 118     cm    WEEK 2   
 8 01-101-1002 WSTCIR   Waist Circumference (cm) 117     cm    WEEK 3   
 9 01-101-1001 WAISTHGT Waist to Height Ratio      0.748 <NA>  SCREENING
10 01-101-1001 WAISTHGT Waist to Height Ratio      0.735 <NA>  WEEK 2   
11 01-101-1001 WAISTHGT Waist to Height Ratio      0.728 <NA>  WEEK 3   
12 01-101-1002 WAISTHGT Waist to Height Ratio      0.736 <NA>  SCREENING
13 01-101-1002 WAISTHGT Waist to Height Ratio      0.724 <NA>  WEEK 2   
14 01-101-1002 WAISTHGT Waist to Height Ratio      0.718 <NA>  WEEK 3   

Rețineți că această funcție are suport încorporat pentru:

  • Conversie de unități în cazurile în care unitățile diferă între numărător și numitor (unități permise: m, mm, ft, in);
  • Măsurarea înălțimii simple sau multiple prin modificarea argumentului constant_by_vars. Vă rugăm să vizitați pagina de referință a funcției pentru mai multe detalii.

Adaugă un parametru pentru raportul dintre talie și șold — derive_param_waisthip • admiralmetabolic admiralmetabolic::derive_param_waisthip() este foarte asemănător: este, de asemenea, un înveliș pentru Adaugă un parametru calculat din valoarea de analiză a altor parametri — derive_param_computed • admiral_param:_computed dar de această dată le permite utilizatorilor să adauge parametri derivați ai raportului dintre talie și șold folosind circumferința taliei și șoldului. Se mândrește cu aceeași unitate de flexibilitate ca și Adaugă un parametru pentru raportul dintre talie și înălțime — derive_param_waisthgt • admiralmetabolic admiralmetabolic::derive_param_waisthgt() – să ne uităm la asta în acțiune:

advs2 <- tribble(
  ~USUBJID,      ~PARAMCD, ~PARAM,                     ~AVAL, ~AVALU, ~VISIT,
  "01-101-1001", "HIPCIR", "Hip Circumference (cm)",   125,   "cm",   "SCREENING",
  "01-101-1001", "HIPCIR", "Hip Circumference (cm)",   124,   "cm",   "WEEK 2",
  "01-101-1001", "WSTCIR", "Waist Circumference (in)", 43.31, "in",   "SCREENING",
  "01-101-1001", "WSTCIR", "Waist Circumference (in)", 42.52, "in",   "WEEK 2",
  "01-101-1002", "HIPCIR", "Hip Circumference (cm)",   135,   "cm",   "SCREENING",
  "01-101-1002", "HIPCIR", "Hip Circumference (cm)",   133,   "cm",   "WEEK 2",
  "01-101-1002", "WSTCIR", "Waist Circumference (in)", 47.24, "in",   "SCREENING",
  "01-101-1002", "WSTCIR", "Waist Circumference (in)", 46.46, "in",   "WEEK 2"
)

derive_param_waisthip(
  advs2,
  by_vars = exprs(USUBJID, VISIT),
  wstcir_code = "WSTCIR",
  hipcir_code = "HIPCIR",
  set_values_to = exprs(
    PARAMCD = "WAISTHIP",
    PARAM = "Waist to Hip Ratio"
  ),
  get_unit_expr = admiral::extract_unit(PARAM)
)
ℹ Unit conversion performed for "HIPCIR". Values converted from "cm" to "in".
# A tibble: 12 × 6
   USUBJID     PARAMCD  PARAM                       AVAL AVALU VISIT    
   <chr>       <chr>    <chr>                      <dbl> <chr> <chr>    
 1 01-101-1001 HIPCIR   Hip Circumference (cm)   125     cm    SCREENING
 2 01-101-1001 HIPCIR   Hip Circumference (cm)   124     cm    WEEK 2   
 3 01-101-1001 WSTCIR   Waist Circumference (in)  43.3   in    SCREENING
 4 01-101-1001 WSTCIR   Waist Circumference (in)  42.5   in    WEEK 2   
 5 01-101-1002 HIPCIR   Hip Circumference (cm)   135     cm    SCREENING
 6 01-101-1002 HIPCIR   Hip Circumference (cm)   133     cm    WEEK 2   
 7 01-101-1002 WSTCIR   Waist Circumference (in)  47.2   in    SCREENING
 8 01-101-1002 WSTCIR   Waist Circumference (in)  46.5   in    WEEK 2   
 9 01-101-1001 WAISTHIP Waist to Hip Ratio         0.880 <NA>  SCREENING
10 01-101-1001 WAISTHIP Waist to Hip Ratio         0.871 <NA>  WEEK 2   
11 01-101-1002 WAISTHIP Waist to Hip Ratio         0.889 <NA>  SCREENING
12 01-101-1002 WAISTHIP Waist to Hip Ratio         0.887 <NA>  WEEK 2   

Vignete și șablon

Pe site-ul web al pachetului de extensie al metabolismului pentru ADaM din R Asset Library • admiralmetabolic {admiralmetabolic}, utilizatorii vor găsi vigneta ADVS pentru obezitate. Această pagină de documentație va ghida utilizatorii spre crearea unui ADVS ADaM pentru obezitate, abordând modul de utilizare a celor două noi funcții Adăugă un parametru pentru raportul talie-înălțime — derive_param_waisthgt • admiralmetabolic admiralmetabolic::derive_param_waisthgt() și adaugă un parametru pentru raportul talie-șold — derivă_param_talie • amiralmetabolic admiralmetabolic::derive_param_waisthip(), precum și modul de aplicare a ADaM existente în R Asset Library • instrumente admiral {admiral}, cum ar fi noul-nouț (începând cu Amiral 1.2) Derivați variabile de categorizare precum AVALCATy și AVALCAyN — derive_vars_cat • amiral amiral:: derive_vars_cat() pentru a crea clase de greutate în variabila AVALCAT și Derive Variabilele de indicator criteriu CRITy, CRITyFL și CRITyFN — derive_vars_crit_flag • amiral admiral::derive_vars_crit_flag() pentru a crea perechi de indicatori/variabile de criterii pentru punctele finale, cum ar fi o reducere de 5% a greutății la o anumită vizită.

Desigur, această vignetă este cuplată cu programul șablon ADVS pentru obezitate, pe care utilizatorii îl pot folosi ca punct de plecare pentru scripturile lor ADaM. De asemenea, șablonul poate fi încărcat și salvat direct din consola R, rulând:

admiral::use_ad_template("ADVS", package = "admiralmetabolic")

Chestionarul de control al alimentației (COEQ) este utilizat în multe studii privind obezitatea ca punct final. Ca atare, Metabolism Extension Package pentru ADaM în R Asset Library • admiralmetabolic {admiralmetabolic} conține, de asemenea, o vignetă orientată spre crearea unui set de date ADCOEQ pentru COEQ. Datorită flexibilității ADaM părinte în pachetul R Asset Library • admiral {admiral}, funcții precum Adăugați noi înregistrări în cadrul grupurilor folosind funcții de agregare — derive_summary_records • admiral admiral::derive_summary_records() pot fi folosite pentru a crea ADCOEQ. Utilizatorii sunt invitați să viziteze vigneta pentru mai multe detalii și o prezentare completă.

Încă o dată, această vignetă vine mână în mână cu programul ADCOEQ, care poate fi accesat prin linkul de mai sus sau direct din consola R rulând:

admiral::use_ad_template("ADCOEQ", package = "admiralmetabolic")

Concluzie

Ne place să creștem familia ADaM în R Asset Library • admiral {admiral} și sperăm că sunteți la fel de încântați de Pachetul de extensie al metabolismului pentru ADaM în R Asset Library • admiralmetabolic {admiralmetabolic} ca și noi. Salutăm feedback-ul comunității despre pachet, conținutul său și direcțiile de dezvoltare pentru lansările viitoare. Vă rugăm să transmiteți feedback-ul ca probleme sau discuții în depozitul nostru GitHub sau în pharmaverse slack. Echipa de dezvoltare se va întâlni luna viitoare pentru o retrospectivă și un plan pentru următoarea lansare, așa că vă rugăm să contactați!

În cele din urmă, dacă aveți sugestii pentru pachete noi de extensii sau doriți să conduceți unul singur, vă rugăm să contactați ADaM în R Asset Library • amiral {admiral} Business Load, Edoardo Mancini și/sau responsabilul tehnic, Ben Straub prin intermediul slack-ul pharmaverse și am fi bucuroși să discutăm cu dvs. pașii următori.

Ultima actualizare

2025-01-21 14:38:35.140162

Detalii

Sursă, informații despre sesiune

Reutilizați

CC BY 4.0

Citare

citat BibTeX:
@online{askeland2025,
  author = {Askeland, Anders and Mancini, Edoardo},
  title = {Hello Admiralmetabolic!},
  date = {2025-01-21},
  url = {https://pharmaverse.github.io/blog/posts/2025-01-21_hello_admiralmetabolic/hello_admiralmetabolic.html},
  langid = {en}
}
Pentru atribuire, vă rugăm să citați această lucrare ca:

Askeland, Anders și Edoardo Mancini. 2025. „Bună Amiralmetabolic!” 21 ianuarie 2025. https://pharmaverse.github.io/blog/posts/2025-01-21_hello_admiralmetabolic/hello_admiralmetabolic.html.

La lasa un comentariu pentru autor, vă rugăm să urmați linkul și să comentați pe blogul lor: blogul pharmaverse.

Noobz.ro.com oferă actualizări zilnice prin e-mail despre R știri și tutoriale despre învățarea R și multe alte subiecte. Faceți clic aici dacă doriți să publicați sau să găsiți un job R/data-science.


Doriți să vă distribuiți conținutul pe R-bloggeri? dați clic aici dacă aveți un blog, sau aici dacă nu aveți.

Continuați să citiți: Salut amiralmetabolic!

Dominic Botezariu
Dominic Botezariuhttps://www.noobz.ro/
Creator de site și redactor-șef.

Cele mai noi știri

Pe același subiect

LĂSAȚI UN MESAJ

Vă rugăm să introduceți comentariul dvs.!
Introduceți aici numele dvs.