Note despre designul DESEQ2 | R-BLOGGERS

MNotă de la întâlnirea de laborator de astăzi:

1. Pentru proiectul Senario precum Rambo, unde într-o comparație de grupuri de caz de caz, fiecare subiect are mai multe repetări (sau mai multe puncte de timp). Pentru a testa genele asociate cu condiția, tu trebuie să modeleze subiectul ca factor de blocare (efect aleatoriu) pentru a controla corect pentru în cadrul subiectului corelații. DESEQ2 nu are efect aleatoriu direct, așa că de obicei folosim efect mixt liniar Model din alte pachete precum voom sau dream în varianță -partiție pentru astfel de date. Iată designul corect pentru modelul liniar cu efect mixt Wehre SubiedId este un efect aleatoriu: design <- ~ group * time + age + sex + (1|subject_id) (Vă rugăm să rețineți că group * time Partea este aceeași cu group + time + group:time unde group:time este termenul de interacțiune.)
   1. Dacă mai doriți să utilizați DESEQ2 (opțiune limitată), puteți prăbuși măsurile repetate prin tratare subject_id Ca efect fix (funcționează numai dacă subiecții nu sunt prea mulți), de exemplu design = ~ subjectID + age + sex + group. Pentru cazul în care aveți multe subiecturi (de obicei, n> 20), nu doriți să faceți asta, deoarece fiecare subiectID va deveni o variabilă manechin și va fi foarte scump din punct de vedere al calculului pentru a calcula coeficiența.
   2. Un alt mod de a testa termenul de interacțiune în DESEQ2 (sau în alt cadru similar) este de a utiliza LRT (testul raportului de probabilitate) între două modele: de exemplu, modul complet design = ~ subject_id + time + group + group:time și reduce modul ca ~ subject_id + time + group apoi în DESEQ2, puteți apela la funcție ca dds <- DESeq(dds, test="LRT", reduced = ~ subject_id + time + group) Pentru a obține genele cu modificări de expresie în timp diferă între grupuri (aka: gene asociate cu progresia).
2. Pentru Senario ca proiectul lui Himanshu, unde fiecare subiect are un Stare pereche (de ex. Pentru a testa genele asociate cu condiția, puteți include pur și simplu subiectul ca covariat, de exemplu design = ~ subjectID + age + sex + condition.