(Acest articol a fost publicat pentru prima dată pe tidyomicsBlogși cu amabilitate a contribuit la R-bloggeri). (Puteți raporta problema legată de conținutul acestei pagini aici)
Doriți să vă distribuiți conținutul pe R-bloggeri? dați clic aici dacă aveți un blog, sau aici dacă nu aveți.
Primul Tidyomics hackatonul comunitar a avut loc pe 1 și 2 iunie la Turku, Finlanda, ca parte a programului EuroBioC2026 preevenimentele conferintei. Aici, patru cercetători din întreaga lume și-au unit eforturile pentru a extinde capacitățile operațiunilor ordonate pentru datele omice, concentrându-se pe rezolvarea erorilor actuale.
Concret, hackatonul sa concentrat pe patru aspecte cheie:
- Dezvoltare
- Bug-uri
- Îmbunătățiri
- Învăţare
Progresele produse în timpul acestui hackathon sunt disponibile și descrise în detaliu în publicația BioHackrXiv. În concluzie:
tidyAnnDataa fost introdus ca un pachet nou pentru a oferi operațiuni ordonate pentru obiectele AnnData generate deanndataRpachet- Accesul la informații la bază
Tidyomicspachetele a fost inconsecventă și unele link-uri au fost întrerupte în pagina principală GitHub; profitând de acest hackathon, a fost restabilit accesul la informații corecte - The
DFplyrpachetul a fost îmbunătățit prin îmbunătățirea metodelor actuale (de exGroupedDataFrameşicount.DataFrame) și făcându-le potrivite pentru numele de coloane universale - The
tidybulkpachetul a fost îmbunătățit pentru a ajustalfcShrink()funcția de a folosi diferitele metode disponibile (apeglmşiashr) și pentru a genera un grafic bazat pe dimensionalitate redusă (PCA) pentru inspecția vizuală a, de exemplu, efectele lotului și detectarea valorii aberante - O vignetă standardizată pentru
tidySingleCellExperimenta fost dezvoltat pentru a oferi un ghid extins și concis pentru noii utilizatori, cuprinzând atât exemple comparabile cu codul R de bază, cât și cele mai bune practici privind analiza cu o singură celulă folosind operații ordonate
Cinci contribuții majore în două zile productive sunt toate un câștig!
Dincolo de această experiență minunată, mai este de făcut: finalizarea dezvoltării tidyAnnData pentru a-l face disponibil public, reparând erori suplimentare și îmbunătățind pachetele actuale și standardizând restul Tidyomics vignetele pachetelor. Aceste eforturi deschid porțile pentru evenimente viitoare și pentru continuarea activității științifice deschise.
Vă așteptăm cu drag la viitor Tidyomics evenimente hackathon pentru a accelera dezvoltarea software-ului, remedierea erorilor și dezvoltarea de noi materiale din problemele deschise în Tidyomics sau pentru a lucra la propriile idei pentru a oferi operațiuni ordonate în analiza datelor Omics.
