Bioconductor în Africa: primul curs în persoană din Etiopia

Introducere

După succesul primului nostru curs de bioconductor în persoană din Nairobi la începutul acestui an, am continuat să construim un impuls pe tot continentul cu primul atelier de bioconductor din Etiopia, desfășurat la Addis Abeba în perioada 25-29 august 2025. Găzduit de către Institutul de Tehnologie Bio și Emergentă (BETin) în parteneriat cu Institutul Internațional de Agricultură Tropicală (IITA) iar cel Universitatea din Limerickevenimentul a reunit cercetători, studenți și educatori pentru a sprijini și a crește capacitatea bioinformatică în Etiopia.

Ceea ce am predat

Un program practic de cinci zile care acoperă:

• R pentru gestionarea datelor, manipulare, vizualizare și analiză reproductibilă
• Structuri de date de bază ale bioconductorilor (de ex SummarizedExperiment)
• Analiza exploratorie a datelor si controlul calitatii
• Expresie diferențială cu DESeq2
• Analiza îmbogățirii setului de gene

Agenda și lista de instructori sunt pe pagina atelierului.

Am întâmpinat 26 de participanți din universități, institute naționale de cercetare și grupuri de biotehnologie din Etiopia, reflectând o combinație puternică de studenți MSc/doctoranzi, lectori și cercetători care lucrează în agricultură, sănătate publică, genomică și cercetare biomedicală bazată pe inteligență artificială. Cohorta a fost selectată din peste 170 de solicitanți – un semn clar al cererii tot mai mari de pregătire practică în bioinformatică.

Vocile participanților

Instantaneu impact:
Din sondajul post-curs (n=24):

• 100% ar recomanda atelierul
• 92% au evaluat cursul „Excelent” sau „Foarte bine”
• Îmbunătățirea medie auto-raportată a abilităților R: 4,3/5
• 23 din 24 de respondenți și-au exprimat interesul pentru a ajuta la creșterea comunității Bioconductor Africa

„Este foarte practic și captivant… Instructorii au fost foarte experimentați, cunoscători și abordabili. A fost o experiență grozavă de învățare!”

„Au fost suficienți susținători pentru cursanți; cei care s-au rotunjit și ne-au susținut când am rămas blocați au fost o abordare minunată. Antrenamentul trage ținta din partea mea.”

„Aș aprecia dacă timpul pentru antrenament ar fi mărit.”

Aceste sentimente au reflectat reflecțiile gazdelor:

În mod încurajator, mulți respondenți și-au exprimat interesul pentru a ajuta la creșterea comunității Bioconductor Africa prin predare, seminarii web sau sesiuni comunitare – un semnal puternic pentru un leadership local sustenabil.

Lecții învățate

O parte cheie a construirii unui program de formare durabil este ascultarea feedback-ului. S-au remarcat câteva teme:

• Mai mult timp pentru scufundări mai adânci:
  Participanții au fost dornici de timp suplimentar pentru exersare și explorare. Deși extinderea atelierului principal nu este întotdeauna posibilă, explorăm sesiuni opționale de codificare sau „ore hacker” după evenimente viitoare, astfel încât participanții să poată petrece mai mult timp lucrând prin exerciții cu sprijinul instructorului.

• Semnalizarea mai clară a lecturii înainte de atelier: Deși am împărtășit materiale de pre-lecturi și de fond, unii participanți au remarcat că ar fi beneficiat de un accent mai mare pe publicația care descrie setul de date experimentale. Vom evidenția aceste resurse mai clar în cursurile viitoare.

• Cartografierea subiectelor viitoare: Feedback-ul a inclus o serie de subiecte pe care oamenii le-ar dori să le vadă în continuare – inclusiv GWAS, analiza cu o singură celulă și integrarea multi-omică. Acest lucru ne ajută să planificăm viitoarele ateliere și să adaptăm formarea la prioritățile locale de cercetare.

Repere

O scurtă ceremonie de certificare în ultima zi a fost o modalitate minunată de a încheia săptămâna. BETin a oferit fiecărui participant un certificat care le recunoaște efortul și angajamentul de-a lungul cursului. Participanții au fost încântați să le primească, așa cum se reflectă în zâmbetele din timpul ceremoniei.

O altă notă a săptămânii este că doi dintre instructorii locali, Yohannes și Niguse, își finalizau Certificarea de Instructor de Tâmplărie, iar acest atelier a servit drept control final pentru predare.

Colaboratori și mulțumiri

Acest atelier a fost găzduit și finanțat de Institutul de Tehnologie Bio și Emergente (BETin). Suntem profund recunoscători pentru conducerea și angajamentul lor de a consolida capacitatea bioinformatică în Etiopia.

Evenimentul a fost organizat împreună cu Institutul Internațional de Agricultură Tropicală (IITA) și Universitatea din Limerick, cu sprijin suplimentar din partea Bioconductor (CZI EOSS) și UL Global/Erasmus+.

Echipa noastră de instructori: Dr Yohannes Gedamu Gebre (BETin), Niguse Kelile Lema (BETin), Dr Helen Nigussie (AAU), Trushar Shah (IITA), Dr Maria Doyle (UL).

Mulțumim Ministerului Inovării și Tehnologiei și Centrului de incubație Innobiz-K Etiopia pentru că au oferit cu generozitate facilitățile lor pentru instruire.

Ce urmează?

Următorul nostru atelier a avut loc în Africa de Vest, în Benin, în perioada 17-21 noiembrie 2025. Dacă institutul dvs. este interesat să găzduiască sau să contribuie la viitoarele workshop-uri, ne-ar plăcea să auzim de la dvs.

Implică-te