(Acest articol a fost publicat pentru prima dată pe R – Myscapeși cu amabilitate a contribuit la R-bloggeri). (Puteți raporta problema legată de conținutul acestei pagini aici)
Doriți să vă distribuiți conținutul pe R-bloggeri? dați clic aici dacă aveți un blog, sau aici dacă nu aveți.
Prezentare generală
În general, operațiunile de set sunt foarte utile pentru compararea listelor de lucruri. Aceste liste pot conține orice șir de caractere, cum ar fi numele genelor sau speciilor.
Operațiile de set sunt, de asemenea, o modalitate bună de a identifica gene unice sau partajate în seturi de rezultate ale analizei. Aplicația freeCount SO vă va ajuta să efectuați operațiuni stabilite cu liste de gene, care pot fi produse din expresie diferențială sau analiză de rețea.
Întrebări potențiale
Ce gene comune conduc modelele DE în toate genotipurile?
Ce gene conduc modelele DE în cadrul tratamentelor?
Ce gene DE împărtășesc modele de co-expresie într-un anumit modul de rețea?
Obiectivele de învățare
- Aflați cum să efectuați operațiuni de setare cu ggVennDiagram
- Exersați compararea listelor de nume de gene
- Înțelegeți cum să identificați genele comune și unice
Înrudit
Acest tutorial este al cincilea dintr-o serie despre analiza datelor omice:
- Analiza expresiei diferențiale cu freeCount
- Analiză funcțională cu freeCount
- Analiza rețelei cu freeCount
- Analiza funcțională a rețelelor cu freeCount
ggVennDiagrama
Pachetul ggVennDiagram R permite diagrame Venn fantastice cu 2-7 seturi și generează cifre de calitate a publicației. De asemenea, acceptă comploturi supărate cu un număr nelimitat de seturi din versiunea 1.4.4.
Înainte de a începe
Exercițiul din acest tutorial va folosi aplicațiile freeCount din RStudio pe un computer personal. Asigurați-vă că aveți următoarele instrumente descărcate, instalate și la zi pe computerul personal:
- Mediul software R
- Aplicația desktop RStudio
Pentru utilizatorii de Windows, instalați suplimentar RTools.
De asemenea, este posibil să rulați online aplicațiile freeCount prin Posit Cloud. Pentru a vedea cum, consultați tutorialul freeCount Bioinformatics Analysis Apps on Posit Cloud.
Date de intrare
- Descărcați fișierul lista 1 a genelor tribolium
- Descărcați fișierul lista 2 a genelor tribolium
- Descărcați fișierul lista 3 a genelor tribolium
- Descărcați fișierul lista 4 a genelor tribolium
Sfat! După ce faceți clic pe datele legate de mai sus, faceți clic dreapta și selectați Salvați ca… pentru a descărca fișierele de mai sus în formatele necesare.
Aplicația de analiză
Următorii pași vă arată cum să obțineți și să începeți să rulați aplicația freeCount set operations (SO).
- Descărcați gratuit aplicațiile Count R Shiny
- Accesați https://github.com/ElizabethBrooks/freeCount
- Faceți clic pe verde < > Cod buton
- Clic Descărcați ZIP
- Extrageți freeCount-principal director
- Navigați la aplicații director
- Deschideți SO.R fișier în RStudio
- Clic Instala pe bannerul galben pentru a instala pachetele R necesare (sau rulați codul pe rândurile de la 10 la 15)
- Faceți clic pe Rulați aplicația butonul din colțul din dreapta sus al panoului sursă
Procesul de analiză
Efectuați următorii pași pentru a realiza a
- Încărcați cele patru seturi de date
- Descărcați rezultatele diagramei Venn bidirecționale
- Descărcați rezultatele diagramei Venn cu trei căi
- Descărcați rezultatele diagramei Venn cu patru căi
1. Încărcați date
Încărcați seturile de date (listele) pe care doriți să le comparați.
Date de intrare
- Mai întâi, încărcați un fișier cu lista de lucruri pe care doriți să le comparați. Aceste liste pot conține orice șir de caractere, cum ar fi numele genelor sau speciilor. În acest tutorial, folosim fișierul lista 1 a genei tribolium.
- Apoi, încărcați al doilea fișier cu o listă. În acest tutorial, folosim fișierul lista 2 al genelor tribolium. După încărcarea celui de-al doilea fișier, vor începe să apară rezultatele analizei. De asemenea, puteți continua să încărcați seturi/liste pe care doriți să le comparați (până la 4 seturi).
- În al treilea rând, încărcați al treilea fișier cu o listă. În acest tutorial, folosim fișierul lista 3 a genelor tribolium.
- În cele din urmă, încărcați al patrulea fișier cu o listă. În acest tutorial, folosim fișierul lista 4 a genei tribolium. Cu aplicația freeCount SO pot fi comparate până la 4 seturi.
Rețineți că numele genelor din aceste fișiere sunt de fapt ID-uri care sunt specifice speciei și bazei de date.
2. Descărcați Two-Way Venn
Descărcați rezultatele diagramei Venn bidirecționale din Diagramele Venn fila.
Sub fiecare diagramă venn sunt liste drop-down și butoane de descărcare, care vă permit să exportați anumite intersecții setate. Acest lucru vă va permite să selectați liste de gene unice sau partajate în seturile pe care le comparați.
3. Descărcați Three-Way Venn
Descărcați rezultatele diagramei Venn cu trei căi din Diagramele Venn fila.
4. Descărcați Four-Way Venn
Descărcați rezultatele diagramei Venn în patru direcții din Diagramele Venn fila.
