Pachete Paleontology R pentru a beneficia de Grantul Institutului de Sustenabilitate Software

Palaeoverse, o organizație de bază care dezvoltă pachete R pentru paleontologie, a primit un grant mare de la Software Sustainability Institute, prin intermediul Fondului de întreținere a software-ului de cercetare, pentru proiectul „Convertirea utilizatorilor în contributori: Permiterea întreținerii și dezvoltării durabile a Palaeoverse”. Această finanțare va sprijini eforturile de îmbunătățire a durabilității și a menținerii mai multor pachete cheie R utilizate în cercetarea paleontologică.

Bun venit la Palaeoverse

Palaeoverse este o inițiativă care urmărește să unească comunitatea paleontologică prin resurse comune, standarde convenite și un angajament colectiv de îmbunătățire a reproductibilității în cercetarea paleontologică. Proiectul a început în 2022, când un grup de cercetători la începutul carierei, inclusiv eu, a recunoscut o provocare comună: mulți dintre noi dezvoltam independent fluxuri de lucru programatice similare pentru curățarea și pregătirea datelor paleontologice, din cauza lipsei de instrumente și protocoale standardizate, ceea ce a dus la muncă dublată care a fost dificil de reprodus. Ca răspuns, ne-am reunit pentru a dezvolta pachetul paleoverse R – un set de instrumente conceput pentru a eficientiza pregătirea și explorarea datelor în cercetarea paleontologică. De atunci, Palaeoverse a evoluat într-o inițiativă organizată oficial, cu o amploare tot mai mare. Menținem mai multe pachete R, organizăm resurse, găzduim prelegeri și organizăm ateliere de formare. Aceste resurse au fost dezvoltate în întregime prin eforturile voluntare ale echipei actuale.

Setul de instrumente Palaeoverse

Setul de instrumente Palaeoverse include în prezent mai multe pachete R care abordează diverse aspecte ale conductelor de date paleontologice:

Pachetul paleoverse^{oferă funcționalități pentru a sprijini pregătirea și explorarea datelor pentru analize paleobiologice, îmbunătățind reproductibilitatea și accesibilitatea codului. Scopul paleoverse este de a genera un pachet software condus de comunitate cu funcții generice pentru comunitatea paleobiologică. Pachetul nu oferă implementări de analize statistice, mai degrabă oferă funcții auxiliare pentru a ajuta la eficientizarea analizelor și pentru a îmbunătăți lizibilitatea și reproductibilitatea codului.}
Pachetul rfilopic^{permite utilizatorilor să adauge siluete de organisme din baza de date PhyloPic la diagramele generate în baza R și ggplot2. rphylopic a fost inițial dezvoltat și întreținut de Scott Chamberlain pentru rOpenSci. În 2023, echipa Palaeoverse a preluat întreținerea rphylopic, a refactorizat întregul pachet și a lansat v1.0.0.}
Pachetul rmacrostrat^{oferă accesibilitate simplificată și îmbunătățită la baza de date geologică Macrostrat. Pachetul oferă funcționalitate pentru interogarea bazei de date prin intermediul API-ului dedicat și preluarea diferitelor date geologice (cum ar fi unități litostratigrafice) și definiții/metadate asociate cu acele date și Macrostrat mai larg.}
Pachetul sepkoski^{oferă acces la compendiul genurilor de animale marine fosile ale lui Sepkoski^{^{. Scopul pachetului este de a oferi o soluție ușoară și ușor accesibilă pentru a lucra cu compendiul lui Sepkoski pentru a sprijini exercițiile de predare.}}}

O diagramă cu suprafață stivuită care arată numărul de genuri de animale marine din Fanerozoic; genurile sunt împărțite după culoare în fauna evolutivă a lui Sepkoski: cambrian, paleozoic, modern (plus o categorie neatribuită); axa x are o scală de timp geologică pe ea — Fauna evolutivă a lui Sepkoski, folosind compendiul genurilor de animale marine fosile Sepkoski, după cum este reprezentat de `sepkoski_curve_base()` funcția în pachetul sepkoski R. Numărul de genuri este numărat pentru fiecare etapă geologică internațională. Scala de timp pe axa x provine de la `axis_geo()` funcția în pachetul paleoverse R.

Finanțarea următoarei generații de contribuabili

Metodele de calcul joacă un rol din ce în ce mai central în paleontologie, creând o nevoie presantă de software fiabil, aprobat de comunitate, care să sprijine cercetarea reproductibilă. Palaeoverse a fost înființat pentru a răspunde acestei cereri, dar succesul său continuu depinde acum de angajamentul mai larg al comunității pentru a-și asigura longevitatea și că dezvoltarea sa reflectă nevoile diverse ale domeniului, mai degrabă decât pe cele ale contributorilor săi principali. Pe măsură ce proiectul se extinde, reducerea cheltuielilor de întreținere și consolidarea durabilității pe termen lung rămân provocări critice pentru protejarea viitorului său. Prin urmare, viziunea noastră este să evoluăm Palaeoverse într-un proiect condus de comunitate, în care utilizatorii contribuie activ la dezvoltarea, întreținerea și revizuirea software-ului și resurselor Palaeoverse.

Pentru a ne realiza viziunea, am identificat două priorități strategice pentru organizație:

Promovați un mediu prietenos pentru contributori. Aceasta implică auditarea și actualizarea pachetelor noastre software pentru a îmbunătăți structura internă, lizibilitatea codului și mentenabilitatea. De asemenea, dorim să dezvoltăm ghiduri și documentație cuprinzătoare pentru colaboratori pentru a stabili standarde transparente și accesibile.
Creșteți implicarea comunității și construiți o rețea de colaboratori. Dorim să suplimentăm programul nostru existent de ateliere Palaeoverse cu inițiative personalizate de formare și de construire a comunității axate pe dezvoltarea și întreținerea software-ului. Având în vedere prevalența scăzută a acestor abilități în paleontologie, aceste evenimente vor fi esențiale pentru dotarea cercetătorilor cu cunoștințele și încrederea necesare pentru a contribui la software-ul științific open-source, inclusiv Palaeoverse.

Prin aceste eforturi, vom stabili așteptări clare pentru contribuții, vom eficientiza trimiterile colaboratorilor și vom cultiva o rețea de colaboratori. Speranța noastră este că acest lucru va stimula o nouă fază de creștere pentru susținerea comunității pentru Palaeoverse. Din păcate, aceste obiective înalte necesită mult timp și bani, iar finanțarea pentru întreținerea software-ului preexistent este limitată (granturile mari de cercetare caută de obicei software nou) și toți contribuitorii de bază sunt ocupați cu multe alte responsabilități…

Fondul de întreținere software de cercetare

În aprilie anul trecut, Software Sustainability Institute a anunțat o cerere de propuneri pentru prima rundă a Fondului de întreținere a software-ului de cercetare. Acest fond își propune să susțină întreținerea și sustenabilitatea software-ului de cercetare care este deja utilizat de comunitate (aia suntem noi!). Echipa Palaeoverse a elaborat o propunere pentru un grant mare pentru a acoperi aceste două priorități strategice. Apoi, în decembrie, am aflat că propunerea noastră, „Conversia utilizatorilor în colaboratori: Permiterea întreținerii și dezvoltării durabile a Palaeoverse”, a fost aleasă ca unul dintre cele patru premii mari.^{sa fie finantat! Finanțarea, în valoare totală de ~480.000 GBP (~650.000 USD) pe doi ani, va fi direcționată către:}

Un inginer software de cercetare dedicat, cu normă întreagă, care va audita și refactoriza întregul set de instrumente Palaeoverse, cu accent pe îmbunătățirea standardizării, accesibilității și reducerea nevoilor viitoare de întreținere.
Un coordonator dedicat, cu normă întreagă, pentru implicarea comunității, care va dezvolta și desfășura evenimente de instruire comunitare personalizate privind dezvoltarea software-ului de cercetare (cum ar fi The Carpentries), hackathon-uri și un program de mentorat dedicat (modulat după Programul rOpenSci Champions) pentru a pregăti următoarea generație de colaboratori Palaeoverse.
Fonduri pentru călătorii și subzistență pentru evenimentele comunitare de formare, hackathonuri și programul de mentorat.

Implicarea în Palaeoverse

Suntem extrem de încântați de viitorul Palaeoverse și te invităm să ni te alături pentru acest următor capitol, indiferent dacă ești sau nu paleontolog! Există mai multe modalități de a vă implica:

Puteți contribui la funcționalitatea setului de instrumente Palaeoverse R. Ghidul nostru pentru contribuții este un loc minunat de a începe. De asemenea, puteți consulta depozitele noastre GitHub pentru a găsi probleme care vă vorbesc. De exemplu, avem o mulțime de probleme pentru pachetul paleoverse care ar fi grozave pentru noii contribuitori.
Deveniți examinator Palaeoverse pentru a vă ajuta să revizuiți codul, documentația și resursele. Apreciem în mod deosebit contribuția comunității pentru a ne asigura că setul de instrumente are o experiență de utilizator fluidă.
Contribuiți la bazele de date Palaeoverse precum Directory și Grant Track, care au ca scop centralizarea informațiilor utile pentru comunitate.
Fiți activ în spații comunitare, cum ar fi Grupul Google Palaeoverse, unde puteți împărtăși idei și resurse, puteți face publicitate oportunităților și puteți conecta colegii. Ajutați-ne să construim o comunitate mai puternică în paleontologia de calcul! Grupul Google a fost destul de liniștit în ultima vreme, dar sperăm să-i dăm o nouă viață ca parte a noilor noastre inițiative comunitare!
Urmărește-ne pe rețelele sociale și bucură-te de călătorie!

În total, sperăm că, dedicând aceste resurse Palaeoverse în următorii doi ani, vom construi o comunitate puternică de utilizatori și colaboratori care va susține pachetele Palaeoverse R și organizarea mai largă pentru mulți ani de acum înainte.