(Acest articol a fost publicat pentru prima dată pe R – Știri JAGSși cu amabilitate a contribuit la R-bloggeri). (Puteți raporta problema legată de conținutul acestei pagini aici)
Doriți să vă distribuiți conținutul pe R-bloggeri? dați clic aici dacă aveți un blog, sau aici dacă nu aveți.
Aceasta este o postare pentru oaspeți de Matt Denwood.
După o întârziere mai mare decât era anticipată, programul de instalare macOS pentru JAGS 5.0.0 este acum disponibil prin SourceForge. Există câteva schimbări majore în ceea ce privește modul în care binarele oficiale ale JAGS 5.x sunt instalate pe macOS, care este subiectul acoperit de această postare de știri.
Multi-threading și legătură BLAS
JAGS are acum suport multi-threading pentru a permite execuția paralelă a lanțurilor independente, care utilizează Grand Central Dispatch de la Apple pentru binarele macOS. Aceasta este versiunea implicită, deoarece majoritatea utilizatorilor vor dori să beneficieze de calculul paralel. Cu toate acestea, este furnizată și o versiune cu un singur thread ca parte a programului de instalare, care are același comportament ca JAGS 4.3.2. O a treia versiune este, de asemenea, furnizată în cadrul programului de instalare, care utilizează un singur threading împreună cu implementarea de referință Netlib a BLAS și LAPACK, mai degrabă decât vecLib (cadru de accelerare) de la Apple. În mod implicit, toate aceste trei versiuni sunt instalate astfel încât utilizatorul să poată comuta ulterior între ele; cu toate acestea, programul de instalare poate fi personalizat pentru a deselecta versiunile care nu sunt necesare. Pentru toți utilizatorii care doresc să evite amprenta mai mare de descărcare și instalare (de exemplu, mașini de construcție/testare), am furnizat și instalatori cu o singură construcție prin SourceForge. Pentru discuții despre diferența dintre implementările BLAS, consultați secțiunea relevantă din Întrebări frecvente R pentru macOS. De asemenea, este posibil să construiți JAGS utilizând OpenMP pe macOS – acest lucru nu este furnizat ca parte a programului de instalare oficial macOS, dar instrucțiunile de compilare necesare vor fi adăugate la secțiunea macOS a manualului de instalare JAGS în timp util.
Locul de instalare
- Deși nu există o locație standardizată pentru instalarea software-ului la nivel de sistem pe macOS,
/optdirectorul este acum folosit mai frecvent (de exemplu, de homebrew și unele elemente din R) decât/usr/local. O parte din motivul acestui lucru este că instalarea sub/opt/jagsasigură o separare clară între software-ul legat de JAGS și alt software pe care este posibil să le fi instalat în alte subdirectoare ale/opt. - Programul de instalare conține acum mai multe versiuni ale JAGS, precum și utilitare care sunt specifice macOS (vezi mai jos) – structura de directoare cu versiuni permite diferitelor versiuni și utilitare să coexiste.
- Având o structură de directoare versiunea, permite, de asemenea, să fie instalate diferite versiuni majore de JAGS pe același sistem – sperăm că acest lucru va ușura tranziția de la JAGS 4.3.2 la JAGS 5.0.0 pe sistemele de construcție CRAN.
Programul de instalare conține, de asemenea, o versiune JAGS 4.3.2 care se instalează sub același /opt/jags director, cu legături simbolice către directorul mai vechi /usr/local care permit construcției CRAN a rjags-4 să continue să funcționeze conform așteptărilor. Aceste legături simbolice permit, de asemenea, accesarea JAGS 5.x din Terminal (și prin pkg-config) fără a actualiza variabila PATH, deși vă recomandăm să adăugați noul director la PATH în mod explicit folosind (de exemplu): echo 'export PATH="/opt/jags/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc
Utilitare JAGS
Pe lângă JAGS în sine, programul de instalare macOS oferă următoarele trei utilități:
- jags-versiune – aceasta permite comutarea versiunii active a JAGS, atât pentru versiunea de linie de comandă, cât și pentru rjags. Comutarea între versiunile majore de JAGS necesită reinstalarea pachetului rjags cu versiunea potrivită, precum și re-compilarea pachetului runjags. Comutarea între versiunile JAGS cu aceeași versiune majoră nu necesită reinstalarea niciunui pachet R (dar poate necesita repornirea R, dacă pachetele necesare sunt încărcate).
- jags-uninstall – aceasta permite eliminarea completă a oricăror instalări JAGS detectate fie în noul director /opt/jags, fie în directorul moștenit /usr/local.
- pkgconf-lite – deoarece macOS nu include pkg-config în mod implicit, acest mic utilitar (furnizat de pkgconf) este instalat pentru a facilita compilarea rjag-urilor pe instalațiile vanilla macOS.
Consultați paginile de manual furnizate pentru jags-version și jags-uninstall pentru mai multe informații despre aceste utilitare. Rețineți că aceste utilități sunt nu instalat dacă utilizați instalatorii cu o singură construcție.
Obține ajutor
