{renv}, {rix}, rv, uvr, ir: O explozie de manageri de pachete și mediu R

Caz de utilizare

Acesta este un pachet de lungă durată susținut de Posit (creatorii RStudio) folosit pentru managementul pachetului R local de proiect.

Cum se utilizează {renv}

{renv} este iterativ și retrospectiv: instalați mai întâi pachetele, apoi faceți un instantaneu.

1. Instalați pachetul {renv}:

2. În cadrul unui proiect, inițializați {renv}:

3. Instalați pachete:

Instalați pachetele în mod obișnuit, de exemplu, install.packages().

Când instalați pachete, acestea vor fi instalate într-o bibliotecă specifică proiectului.

4. Înregistrați pachetele bibliotecii dvs. într-un fișier de blocare:

Acest fișier de blocare captează versiunile exacte ale acelor pachete:

{
  "R": {
    "Version": "4.4.2",
    "Repositories": (
      {
        "Name": "CRAN",
        "URL": "https://cloud.r-project.org"
      }
    )
  },
  "Packages": {
    "dplyr": {
      "Package": "dplyr",
      "Version": "1.1.4",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "fedd9d00c2944ff00a0e2696ccf048ec"
    },
    "ggplot2": {
      "Package": "ggplot2",
      "Version": "3.5.1",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "44c6a2f8202d5b7e6c72a95ca7ea1795"
    }
  }
}

5. Repeta:

Pe măsură ce continuați să adăugați pachete, continuați să faceți instantanee pentru a actualiza fișierul de blocare.

Cum să partajați folosind {renv}

Când cineva dorește să ruleze proiectul dvs. folosind pachetele stocate în fișierul de blocare {renv}, poate restaura biblioteca de pe computerul său rulând renv::restore().

Câteva considerații

Deoarece {renv} este iterativ și retroactiv, puteți instala accidental pachete care sunt în conflict cu pachetele pe care le-ați instalat mai devreme.

În timp ce {renv} urmărește versiunea dvs. R, nu o gestionează în mod intenționat. Dacă trebuie să schimbați versiunile R, veți dori o unealtă precum platforma. Consultați documentația renv pentru lista completă de avertismente.

Caz de utilizare

{rix} operează cu un nivel mai sus față de celelalte instrumente din această listă. În loc să gestioneze pachetele într-o instalare R, {rix} folosește Nix, un manager de pachete de uz general, pentru a face instantanee un întreg mediu software: R în sine, pachete, şi orice dependențe la nivel de sistem de care au nevoie.

Cum se folosește {rix}

{rix} este retrospectiv, dar într-un sens diferit de {renv}. Declarați mediul pe care îl doriți dinainte, iar Nix îl construiește de la zero (luând dintr-un index de pachet, mai degrabă decât biblioteca instalată în prezent).

1. Instalați Nix și pachetul {rix}:

2. Declarați-vă mediul:

Scrieți un scenariu mic (de exemplu, generate_env.R) descriind versiunea R și pachetele de care aveți nevoie:

library(rix)

rix(
  r_ver = "4.4.2",
  r_pkgs = c("dplyr", "ggplot2"),
  project_path = "."
)

Rularea acestui script generează un default.nix fișier, o descriere în text simplu a mediului.

3. Construiți mediul:

Funcţionare nix-build creează mediul în care este stocat /nix/store:

Apoi, puteți trece în acest mediu în mod interactiv, rulând nix-shell.

De acolo, puteți lucra normal lansând R, scriind scripturi, redând documente Quarto etc.

Când doriți să adăugați un pachet nou, editați generate_env.R și rulați din nou acel script pentru a regenera default.nixși apoi alergați nix-build/nix-shelldin nou.

Cum să partajați folosind {rix}

Distribuie default.nix fișier (de obicei comis împreună cu proiectul dvs.). Oricine are Nix instalat poate reconstrui exact același mediu, octet cu octet, indiferent de sistemul de operare, rulând nix-build sau nix-shell împotriva acelui dosar.

Câteva considerații

Deoarece {rix} depinde de Nix, este nevoie de un lift mai mare pentru a instala și a învăța Nix în sine. În schimb, obțineți reproductibilitate care se extinde dincolo de pachetele R până la versiunea R și chiar dependențe de sistem.

Caz de utilizare

Acesta este un instrument relativ nou al lui A2-ai, scris în limbajul Rust, tot atât de popular, folosit pentru managementul pachetelor R local de proiect.

Acceptă mai multe depozite de pachete cu control sursă pentru fiecare pachet (de exemplu, forțarea unui anumit pachet să fie construit din sursă vs. binar) și pretinde îmbunătățiri mari ale vitezei (20x+) față de {renv} pentru instalări.

rv este declarativ: scrieți pachetele și versiunile dorite într-un fișier de configurare, iar rv rezolvă întregul grafic de dependență înainte de a instala orice.

Cum se utilizează rv

1. Instalați rv:

rv este un instrument independent de linie de comandă, nu un pachet R. Există câteva instrucțiuni de instalare; consultați documentația pentru mai multe. Am Homebrew pe Mac, așa că pot rula:

2. Începeți un nou proiect:

Începeți un nou proiect cu rv init. De exemplu, rularea mai jos creează un nou folder numit hello_world:

Dacă deschideți hello_world folder, veți vedea că rv a creat diverse fișiere și foldere în folderul proiectului dvs.:

hello_world/
  rv/
  library/
  scripts/
    activate.R
    rvr.R
  .gitignore
  .Rprofile
  rproject.toml

3. Actualizați fișierul de configurare:

Nu vreau să repet documentația pentru că este destul de excelentă, dar, în esență, ați completa pachetele dvs. ca dependențe în rproject.toml:

r_version = "4.4.2"

# A list of packages to install and any additional configuration
# Examples:
    # "dplyr",
    # {name = "dplyr", repository = "CRAN"},
    # {name = "dplyr", git = "https://github.com/tidyverse/dplyr.git", tag = "v1.1.4"},
dependencies = (
    "dplyr",
    "ggplot2"
)

4. Instalați pachete:

Apoi, fugi rv sync pentru a instala pachetele din fișierul de configurare, precum și toate dependențele acestora:

Aceasta rezolvă graficul de dependență și scrie versiunile exacte în an rv.lock fișier, ceva de genul:

((packages))
name = "dplyr"
version = "1.1.4"
repository = "CRAN"
source = "Repository"
hash = "fedd9d00c2944ff00a0e2696ccf048ec"

((packages))
name = "ggplot2"
version = "3.5.1"
repository = "CRAN"
source = "Repository"
hash = "44c6a2f8202d5b7e6c72a95ca7ea1795"

Cum să partajați folosind rv

Dacă cineva dorește să vă deschidă proiectul rv, poate să vă cloneze folderul (inclusiv .toml) și apoi să ruleze rv init.

Câteva considerații

Deoarece rv este declarativ și rezolvă întregul grafic de dependență în avans, este mai puțin îngăduitor să „instalați tot ce aveți nevoie pe măsură ce mergeți” munca exploratorie pe care {renv} o găzduiește; este de așteptat să cunoașteți (sau să vă dați seama) dependențele dvs. înainte de a vă putea sincroniza.

S-ar putea să observați că rv-urile rproject.toml are o r_version câmp, dar aceasta nu gestionează de fapt versiunea R. La fel ca {renv}, rv nu descarcă, instalează sau schimbă versiunile R pentru dvs. (din nou, ați dori un instrument ca rig pentru asta).

Dacă doriți un singur instrument care urmărește atât pachetele dvs. R, cât și versiunea R și poate schimba de fapt versiunile R pentru dvs., poate doriți să verificați…

Caz de utilizare

uvr este construit de nbafrank, un dezvoltator independent. La fel ca rv, este scris și în Rust și este modelat în mod explicit pe uv-ul lui Python, adică cel mai bun lucru care s-a întâmplat ecosistemului Python într-un deceniu.

Se strânge Managementul pachetelor R și managementul versiunilor R (două lucruri pe care {renv} și rv le tratează separat), susținute de un singur fișier de blocare (uvr.lock) care este menit să fie „sursa adevărului” pentru un proiect.

Cum se folosește uvr

uvr, ca și rv, este declarativ: adăugați pachete (și opțional o constrângere de versiune R) la un manifest, iar uvr rezolvă și blochează întregul grafic de dependență înainte de a instala orice.

1. Instalați uvr:

uvr este un binar de sine stătător, nu un pachet R (deși un pachet R însoțitor, uvr-r, vă permite să îl conduceți din consola R în loc de terminal).

curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/nbafrank/uvr/main/install.sh | sh

2. Începeți un nou proiect:

mkdir my-project && cd my-project
uvr init --r-version ">=4.4.2"

Aceasta creează o uvr.toml manifest în folderul proiectului.

3. Adăugați pachete:

4. Instalați totul din fișierul de blocare:

Aceasta este ceea ce generează și păstrează uvr.lock actualizat, captând atât versiunea R, cât și versiunile pachetului, ceva de genul:

r-version = "4.4.2"

((packages))
name = "dplyr"
version = "1.1.4"
source = "cran"
hash = "fedd9d00c2944ff00a0e2696ccf048ec"

((packages))
name = "ggplot2"
version = "3.5.1"
source = "cran"
hash = "44c6a2f8202d5b7e6c72a95ca7ea1795"

5. Rulați scripturi în mediul izolat:

Cum să partajați folosind uvr

Angajează-te uvr.toml şi uvr.lock alături de proiectul tău. Cineva care dorește să reproducă mediul dvs. (inclusiv versiunea dvs. R fixată) clonează depozitul și rulează:

--frozen va eșua dacă fișierul de blocare este învechit.

Caz de utilizare

i operează un nivel jos din instrumentele la nivel de proiect. Este creat pentru scripturi individuale sau documente Quarto, mai degrabă decât pentru proiecte întregi. Este un instrument de linie de comandă pentru rularea scripturilor R portabile și redarea documentelor Quarto ale căror cerințe de pachet (și opțional o versiune R) trăiesc în interiorul fișierului însuși pentru fluxuri de lucru cu un singur fișier care nu au nevoie de un proiect, dar trebuie totuși să fie ușor de partajat și reluat mai târziu.

Cum se folosește ir

1. Instalați ir:

Urmați instrucțiunile de instalare din depozit:

curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/r-lib/ir/main/scripts/install.sh | sh

2. Declarați cerințele în fișierul în sine:

Adăugați frontmatter (pentru .qmd/.Rmd) sau un comentariu de antet (pentru .R scripturi) care listează pachetele și, opțional, o versiune R sau o dată instantanee a Managerului de pachete Posit:

#!/usr/bin/env -S ir run
#| packages:
#|   - dplyr>=1.0
#|   - (email protected)
#| isolated: true
#| exclude-newer: "2025-05-15"

library(dplyr)
library(ggplot2)

mtcars |> count(cyl, gear) |> ggplot(aes(x = cyl, y = gear)) + geom_col()

---
title: My report
ir:
  packages:
    - dplyr>=1.0
    - (email protected)
  isolated: true
  exclude-newer: 2025-05-15
---

3. Rulați sau randați fișierul:

ir run script.R
ir render report.qmd

Când rulați sau randați fișierul, rezolvă cerințele, pregătește biblioteci de pachete stocate în cache și lansează R sau Quarto cu un timp de rulare gata de utilizare.

Cum să partajați folosind ir

Trimite single-ul .R sau .qmd fișier (nu există un fișier de blocare separat sau un director de proiect pe care să îl urmăriți). La prima utilizare, ir își pregătește propriul instrument de rezolvare în memoria cache, astfel încât destinatarul nu trebuie să preinstaleze {pak} sau {renv}; pot alerga ir run sau ir render iar ir se ocupă de rezolvarea și stocarea în cache a pachetelor potrivite.

Câteva considerații

este cel mai nou instrument de aici (lansat pentru prima dată la mijlocul anului 2026) și s-a restrâns în mod intenționat: rezolvă reproductibilitatea pentru o singur fișier, nu un proiect întreg. Deci, este o completare, nu un înlocuitor pentru, {renv}/{rix}/rv/uvr atunci când aveți nevoie de un mediu partajat la nivel de proiect.