Ateliere de tâmplărie de bioconductor în japoneză: lecții din Japonia

În primul rând scuze

Această postare ar fi trebuit scrisă acum un an. Cele două ateliere pe care le descrie au avut loc în august și septembrie 2025, iar un raport în limba japoneză a apărut în buletinul informativ al Societății Japoneze de Bioinformatică (JSBi) în ianuarie 2026. Raportul către comunitatea mai largă, vorbitoare de limba engleză, a Bioconductorilor sosește abia acum, în noiembrie 2026.

Îmi pare rău pentru întârziere. Le datorez aceste scuze participanților, ajutoarelor și co-gazdarilor care au realizat atelierele și tuturor din comunitatea Bioconductor care au fost curioși despre cum a mers predarea Bioconductorului într-o limbă locală în Japonia. O parte din motivul întârzierii este explicată mai târziu în această postare, deoarece este legată de viitorul infrastructurii noastre de traducere.

Primele ateliere de Bioconductor Tâmplărie predate în limba japoneză

Bioconductor este o organizație membră a The Carpentries din august 2022 (anunț). Comitetul de Formare pentru Bioconductor menține un set de module de lecție în stil Tâmplărie, variind de la o introducere în R și Bioconductor până la un curs avansat de analiză ARN-seq în vrac. Modul în care aceste lecții sunt dezvoltate și predate este descris în Drnevich și colab. (2025), PLOS Biologie Computațională.

Aducerea acestui training comunităților din întreaga lume în propriile limbi este susținută de grantul Essential Open Source Software for Science (EOSS) al Inițiativei Chan Zuckerberg (CZI) Oferirea de formare de înaltă calitate pentru bioconductori pentru o comunitate mondială.

Ca parte a acestui efort, comunitatea japoneză de bioconductor a organizat două ateliere de lucru de două zile în 2025, găzduite împreună cu Societatea Japoneză de Bioinformatică (JSBi). Din câte știm, acestea au fost primele ateliere de Bioconductor predate vreodată în japoneză. Ambele au fost evenimente hibride, cu o sală de clasă în persoană și o conexiune Zoom pentru participanții la distanță. Eu (Kozo Nishida) am fost instructor pentru ambele. Fac parte din Comitetul consultativ al comunității Bioconductor și în grupul de lucru care traduce materiale didactice Bioconductor, iar aceste ateliere au fost pentru prima dată când traducerile noastre în japoneză au fost folosite în fața unei clase.

Atelierul 1: Introducere în R și Bioconductor (Osaka, 5-6 august 2025)

Primul atelier a avut loc la Sala Memorială Taniguchi din clădirea Integrată pentru Știința Vieții a Institutului de Cercetare pentru Boli Microbiene, Universitatea Osaka, cu Naohisa Goto ca ajutor și gazdă locală.

Ziua 1 a urmat traducerea japoneză a Introducere în analiza datelor cu R și Bioconductor (bioc-intro): cum să organizați datele pentru analiză, apoi manipularea și vizualizarea datelor cu pachetele tidyverse, predate prin codificare live cu fiecare participant tastând împreună.
Ziua 2 a urmat traducerea japoneză a Proiectul Bioconductor (bioc-project): instalarea pachetelor Bioconductor, obținerea de ajutor, clase S4, secvențe biologice, GenomicRangesresurse de adnotare și SummarizedExperiment.

Site-ul web al atelierului și diapozitivele sunt online, în japoneză.

Atelierul 2: Analiza ARN-seq cu Bioconductor (Kyoto, 11-12 septembrie 2025)

Al doilea atelier a fost cursul avansat, desfășurat la Sala Memorială Inamori a Universității Prefecturiale din Kyoto, cu Atsushi Fukushima ca ajutor și gazdă locală. Am folosit traducerea japoneză a lui Analiza ARN-seq cu Bioconductor (bioc-rnaseq) și a codificat în direct întregul flux de lucru ARN-seq, în afară de etapa de cuantificare citită care produce matricea de numărare.

Ziua 1 a acoperit o introducere în ARN-seq, proiectele RStudio și datele experimentale, importul de date cuantificate în R și adnotarea acestora, precum și analiza exploratorie și controlul calității, tot ceea ce vine înaintea analizei expresiei diferențiale.
Ziua 2 a acoperit analiza expresiei diferențiale, o privire mai atentă asupra matricelor de proiectare și analiza de îmbogățire a setului de gene pentru interpretarea rezultatelor.

O sală de curs la Universitatea Prefecturală din Kyoto în timpul celui de-al doilea atelier. Participanții stau la birouri lungi cu laptopuri, în timp ce instructorul stă în față, lângă un ecran care arată codul R. — Al doilea workshop, la Universitatea Prefecturală din Kyoto.

Captură de ecran a traducerii în japoneză a analizei ARN-seq cu lecția Bioconductor, care arată episodul de analiză a îmbogățirii setului de gene cu întrebările și obiectivele sale în japoneză. — Traducerea japoneză a *Analiza ARN-seq cu Bioconductor* lectie, folosita in al doilea atelier.

Site-ul web al atelierului și diapozitivele sunt, de asemenea, online.

Cine a participat

Osaka, august 2025	cam 3	aproximativ 45
Kyoto, septembrie 2025	cam 6	aproximativ 45

Prezența a fluctuat pe parcursul celor două zile lungi, așa că acestea sunt cifre aproximative. Majoritatea participanților s-au alăturat online, ceea ce reflectă cât de răspândită geografic este comunitatea bioinformatică japoneză. Formatul hibrid a redus în mod clar bariera în calea participării.

Suntem recunoscători lui JSBi pentru co-găzduire, gazdelor de la Universitatea Osaka și Universitatea Prefecturală din Kyoto și, mai ales, tuturor celor care au participat. Intenționăm să continuăm să rulăm și să îmbunătățim aceste ateliere. Speranța noastră este că participanții nu numai că vor învăța de la ei, ci vor continua să predea, astfel încât cercul să se lărgească în continuare.

Un raport despre ambele ateliere, scris în japoneză împreună cu Naohisa Goto și Atsushi Fukushima, a apărut în JSBi Newsletter nr. 48 (ianuarie 2026, PDF în japoneză).

Unde locuiesc materialele

De ce întârzie această postare și ce am învățat despre configurația noastră de traducere

Aici este partea sinceră. Unul dintre motivele pentru care această postare a durat atât de mult este că nu am reușit să mențin bioconductor.crowdin.com și depozitele de traduceri bioconductor așa cum merită și m-am simțit vinovat când scriu un raport vesel despre ateliere, în timp ce infrastructura din spatele lor rămânea în urmă.

Unele fundal. Eu am fost cel care a propus ca comunitatea Bioconductor să folosească Crowdin pentru a gestiona traducerile. Modelul a fost The Turing Way, care își traduce cu mare succes manualul despre Crowdin. Sprijinul Crowdin pentru proiectele open-source a fost generos și rămân foarte recunoscător pentru asta.

Deci, pentru a face materialele didactice Bioconductor disponibile în mai multe limbi, nu mai cred că ar trebui să continuăm să folosim bioconductor.crowdin.com și intenționez să-l retrag. Aceasta nu este o plângere despre Crowdin. Este o recunoaștere a faptului că instrumentul a fost cel potrivit pentru un alt tip de document sursă și că un flux de lucru mai simplu servește acum mai bine lecțiile noastre.

Ce urmează

Vă rog să-mi acordați puțin timp înainte de anunțul oficial. Când va fi gata, o voi împărtăși aici pe blog.

Implică-te

Învățați cu materialele. Lecțiile de japoneză, site-urile web ale atelierelor și diapozitivele de mai sus sunt licențiate în mod deschis și sunt gratuite pentru a fi folosite de oricine.
Dacă sunteți interesat să traduceți materiale didactice Bioconductor în propria limbă, urmăriți organizația de traduceri pentru bioconductor pentru anunțul viitor.
Alăturați-vă comunității Bioconductor prin site-ul de asistență și chatul comunității.

Mulțumiri

Mulțumim lui Naohisa Goto și Atsushi Fukushima pentru că au ajutat și găzduiesc atelierele, lui JSBi pentru co-găzduirea lor și fiecărui participant. Această activitate a fost susținută de programul Chan Zuckerberg Initiative EOSS și de Programul Bioconductor Developer Champions.