În spiritul Învățarea în publicAm vrut o scuză pentru a vă scufunda în Quarto pentru a afla mai multe despre publicarea formatelor dincolo de documentele simple PDF și HTML.
Dacă nu sunteți familiar, quarto (quarto.org) este succesorul lui Rmarkdown, sistemul de publicare științifică de generație următoare care funcționează nativ cu Python, R și OJS. Dacă aveți deja RMarkdown, probabil că nu trebuie să faceți nimic la el pentru a -l face să se redea cu Quarto. Lucrul minunat despre quarto (și într -o măsură mai mică, Rmarkdown) este că puteți scrie un document unic de intrare și puteți reda multe tipuri de documente de ieșire – HTML, PDF, Word Docs, prezentări (PowerPoint, Beamer, RevealJs), tablouri de bord, site -uri web, cărți, bloguri și multe altele). Și, quarto live, puteți încorpora blocuri de cod interactive alimentate cu WebAssembly pentru R și Python chiar într-un document quarto (Exemplu aici)
Demonstrez aici cum am transformat un vechi site de curs al meu, realizat dintr-o grămadă de documente Rmarkdown într-o carte electronică lustruită folosind quarto. De asemenea, am subliniat pe scurt manuscrise de cvarto și tablouri de bord quarto la sfârșit.
Puteți citi cartea sau descărca un PDF la https://bdsr.stephenturner.us/.
În momentul în care eram facultate la UVA, am început o serie de ateliere Ca răspuns la cererea din ce în ce mai mare de educație practică în știința datelor și bioinformatică de care nu aveau cursurile tradiționale. În cele din urmă am transformat acest lucru într -un curs de absolvireși mai târziu într -un curs Regizat către facultăți care caută o carieră în știința translațională. Cursul a fost un Software tâmplărie Cursul hands-on de codificare live în stil, utilizând în mare parte R, care a acoperit subiecte, inclusiv manipularea datelor cu DPlyR, vizualizare cu GGPLOT2, modelarea predictivă cu îngrijire, extragere de text cu TidyText, ARNA-seq analiza cu DESEQ2, statistici de bază, analiză de supraviețuire și alte subiecte.
Am făcut site -ul de curs folosind site -uri web Rmarkdown – o caracteristică care nu cred că a primit vreodată multă tracțiune, dar am găsit incredibil de util. Ai pus un _site.yml Fișier în rădăcina proiectului dvs. și ați primit un mic buton „Build Website” în panoul de construcție Rstudio. Apăsați butonul respectiv și ar reda toate documentele RMarkdown din proiect și vă va oferi un site web cu pagini listate așa cum se află în acestea _site.yml fişier. M -am inspirat foarte mult de la vechiul curs STAT545 al lui Jenny Bryan și am împrumutat idei de predare de la alte cursuri și postări pe blog de pe internet.
—Quarto a intrat în chat –
Quarto a apărut pe radarul meu în 2022 la ultimul Rstudio :: conf (înainte de a deveni POSIT :: CONF), unde Posit a anunțat schimbarea numelui, statutul de beneficii publice, strălucitor pentru Python și, Quarto. Am schimbat încet cea mai mare parte a autorizării mele tehnice de la Rmarkdown la Quarto. Am fost întotdeauna un mare fan al Pachetul rticlesiar acum Quarto începe să se prindă Șabloane de articol din jurnal (Am scris Hârtie biorecap folosind un generic Șablon de cvarto arxiv)
Am marcaje pentru atâtea cărți de referință grozave, inclusiv R pentru știința datelor, Mâini pe programare cu rși Python pentru analiza datelortoate acestea sunt scrise ca cărți de quarto.
Documentele (quarto.org/docs/books) părea destul de simplu. Doar lipiți o grămadă de fișiere QMD într -un director și redactați -le într -un _quarto.yml fişier. Am vrut o scuză pentru a explora experiența de autorizare a cărților cu Quarto, așa că am apucat tot codul sursă de pe vechiul meu site de curs pentru a încerca.
Cartea se bazează pe materialele de curs pe care le -am dezvoltat în jurul anului 2015 și a predat până în 2018, așa că începe să -și arate vârsta. Există unele funcții DPlyr care sunt depreciate sau înlocuite, folosește gather() şi spread() din Tidyr în loc de pivot_*()și folosește îngrijitor și pachete conexe în loc de TidyModels. Și, în Capitolul de modelare predictivă și prognozăexistă o secțiune privind prognoza bolilor asemănătoare cu gripa, care arată modele de ILI de sezon perfect regulate până în 2019-2021, un contrafactual care coinstructorul și coautorul VP (Pete) Nagraj și eu a publicat o lucrare ani mai târziu.
Am scris recent un scurt eseu despre Învățarea în public:
În acest spirit am vrut să împărtășesc câteva resurse legate de cărți și alte subiecte de quarto pe care le -am citit.
Cărți de quarto Documentația este un loc bine organizat pentru a începe să obțineți mai multe informații despre publicarea unei cărți cu quarto și puteți găsi alte exemple grozave în galerie. De asemenea, am vrut să chem două tipuri de documente de ieșire a quarto -ului relativ noi la care merită să le analizezi.
Mina Cetinkaya-Rundel, profesor de practică a științei statistice la Duke University, a dat o discuție minunată despre Manuscrise quarto la conferința R/Medicină la începutul acestui an. Discuția a fost minunată. Cu Manuscrise quarto Puteți scrie o narațiune și puteți include caiete suplimentare R/Python/etc alături de manuscris și puteți face ieșirea în mai multe formate. Vezi Exemplu aiciși discuția mea de mai jos.
Am folosit și recomandat Flexdashboard pentru a face tablouri de bord statice sau strălucitoare folosind RMarkdown. Când Quarto a fost lansat pentru prima dată, tablourile de bord lipseau de cel puțin un an. Quarto 1.4 a fost lansat la începutul acestui an, introducând Tablouri de bord cu cvarto împreună cu alte caracteristici noi. Vedeți videoclipul scurt de mai jos de la POSIT.
