Aducerea bioconductorului în galaxie: o colaborare Cofest

Introducere

Această postare pe blog a fost scrisă în timpul CoFest (ColaborationFest) care a avut loc după Conferința Comunității Bioconductor Galaxy Bioconductor din 2025, care a avut loc anul acesta la Cold Spring Harbour Laboratory din New York. Pentru prima dată, această întâlnire comună a reunit două dintre cele mai utilizate platforme open-source în bioinformatică, galaxie și bioconductor, pentru a explora modul în care punctele lor forte se pot completa reciproc și extinde accesul la instrumentele bioinformatice.

În această postare, evidențiem una dintre cele mai interesante sesiuni de la eveniment: „Simplificarea bioinformaticii: adăugarea de instrumente bioconductoare în galaxie”prezentată de Fabio Cumbo, Jayadev Joshi, Bryan Raubenolt și Daniel Blankenberg. Sesiunea a explorat modul în care dezvoltatorii pot integra instrumentele bioconductor în galaxie prin înfășurarea lor în platforma bazată pe web pentru a extinde accesibilitatea și capacitatea de utilizare pentru cercetători.

De ce Galaxy?

Galaxy este o platformă open source, bazată pe web, care face ca analizele complexe să fie mai accesibile, nu este necesară o infrastructură de codificare sau specializată. La fel ca Bioconductor, prioritizează reproductibilitatea și transparența, dar le oferă prin intermediul unei interfețe ușor de utilizat, punct-and-clic.

Acest lucru este deosebit de puternic pentru cercetători fără experiență de programare sau acces la calcule performante. Un exemplu excelent vine din această prezentare GBCC2025 de Carolina Santana de la UEFS din Brazilia, unde studenții au analizat microbiomele de mediu în timp ce lucrau cu infrastructură limitată, împărtășind adesea un singur laptop. Instrumente precum Galaxy ajută la nivelul de joc.

Acum imaginați -vă ce este posibil atunci când instrumentele bioconductoare, unele dintre cele mai robuste metode analitice din genomică, pot fi rulate în galaxie.

De ce să aducem instrumente de bioconductor în Galaxy?

Bioconductorul este un ecosistem puternic al pachetelor bazate pe R care acoperă totul, de la expresia diferențială și analiza căii până la metodele spațiale și cu o singură celulă. Dar pentru mulți cercetători, aceste instrumente rămân la îndemână, fie din cauza experienței R limitate, a dependențelor lipsă, fie de lipsa resurselor de calcul.

Acolo intră Galaxy.

Ce este în el pentru dezvoltatori?

Înfășurarea instrumentului dvs. bioconductor pentru Galaxy Can:

Extindeți accesul – Faceți -vă metoda utilizabilă de către cercetători fără experiență de codificare și de către educatori și studenți în setările de predare.
Crește vizibilitatea – Câștigă expunere și citări potențiale ca parte a fluxurilor de lucru și a materialelor de instruire dincolo de sfera R/bioconductor.
Impactul ascuns de suprafață – Un instrument instalat o dată pe un server Galaxy poate fi utilizat de sute. Eforturile emergente de a lega valorile de utilizare cu întreținerea bioconductorilor ar putea face acest lucru mai vizibil în viitor.

Poate necesita efort modest, dar impactul potențial este semnificativ.

Înfășurarea și integrarea instrumentelor în Galaxy

Înfășurarea unui instrument înseamnă să -l punem la dispoziție prin interfața grafică a Galaxy, astfel încât utilizatorii să o poată rula fără a atinge linia de comandă. Există mai multe modalități de a face acest lucru în funcție de modul în care se construiește instrumentul. Mai jos este o galerie din sesiunea de antrenament GBCC2025 care arată componentele cheie ale unui înveliș de instrumente Galaxy:

Diapozitive din sesiunea de antrenament GBCC2025 care arată elementele de bază ale unui înveliș Galaxy.

Prezentatorii au împărtășit, de asemenea, un instrument de bază „Hello World” pentru a demonstra modul în care Galaxy rulează instrumente în culise. Această demo hands-on a oferit participanților o bază practică și îl puteți încerca și folosind puntea de diapozitive de antrenament.

Exemplu de pachete bioconductor (GSVA) în Galaxy – în curând

Cu o contribuție de expert de la dezvoltatorul GSVA, Robert Castelo, lucrăm în prezent la înfășurarea pachetului bioconductor GSVA (Analiza variației setului de gene) în Galaxy. Utilizat pe scară largă pentru analiza de îmbogățire funcțională, GSVA va servi ca un exemplu concret al modului de a aduce metodele bioconductorului în galaxie.

Am deschis o solicitare de tragere a lui GSVA Wrapper pentru a împărtăși munca noastră timpurie și a invita feedback -ul. Testarea și rafinarea sunt în desfășurare, vom împărtăși ceea ce învățăm într-o postare de urmărire viitoare.

Parte din CoFest 2025

Această lucrare a făcut parte din CoFest 2025, un eveniment de colaborare practică organizat după GBCC în perioada 27-28 iunie. Cofest a fost mai mult decât un hackathon– A fost un spațiu prietenos și productiv pentru dezvoltatorii de galaxie și bioconductor să conecteze și să construiască lucrurile împreună.

La CoFest, echipele s -au concentrat pe diverse proiecte de dezvoltare software, cum ar fi integrarea fluxului de lucru, manipularea parametrilor, dezvoltarea aplicațiilor, proiectarea interfeței și multe altele. Puteți explora proiectele CoFest din acest an în puntea de diapozitive comunitare!

Grupul nostru – Maria, Gretta, Charlotte și Marcel – au lucrat personal la Cofest, susținut de la distanță de Robert Castelo, care a inițiat ideea acestei postări pe blog și a oferit o contribuție de expert în ambalajul GSVA. A fost prima dată când Gretta a contribuit la Cofest, iar ea a sărit direct, aducând modificări clare, atente și contribuții valoroase. De asemenea, am început să experimentăm utilizarea LLM -urilor pentru a proiecta ambalaje, idee provocată de conversațiile cu Brad Langhorst și Dannon Baker. Învelișul inițial GSVA a fost creat cu Gemeni și va fi rafinat în săptămânile următoare.

CoFest 2025 Day 2 Wrap-up.

Ce urmează?

Ghid pentru dezvoltatorii bioconductori – Creăm un exemplu lucrat care înfășoară GSVA în Galaxy, explorarea diferitelor abordări (inclusiv Gemini CLI). După ce am perfecționat procesul, vom împărtăși un ghid pas cu pas, sfaturi și lecții învățate. Urmați cererea de tragere a proiectului pentru a rămâne în buclă.
Aplicații strălucitoare în Galaxy -Marcel Ramos experimentează cu încorporarea biochubsshinului în galaxie și construirea mai multor șabloane de înveliș bioconductor. Dacă ați explorat idei similare, luați legătura.

Dacă sunteți curioși despre oricare dintre aceste lucrări sau gândiți -vă să înfășurați propriul instrument, intrați în canalul #Galaxy de pe chat.bioconductor.org. Încă ne dăm seama de lucruri pe noi înșine și ne -ar plăcea să împărtășim idei, să rezolvăm probleme și să învățăm pe parcurs.