Un hackathon centrat pe Bioconductor dedicat omicilor spațiale a fost organizat de membrii comunității Bioconductor – Davide Risso (Universitatea din Padova, Italia), Helena Crowell (CNAG Barcelona, Spania) și Wolfgang Huber (EMBL) – pe 19-22 aprilie pe San Servolo, Italiao insulă în largul coastei Veneției, cu fața către Campanile din Piața San Marco.
Hackatonul a reunit 27 de cercetători și dezvoltatori de software – din Germania, Elveția, Italia, Spania și SUA – pentru a avansa capabilitățile Bioconductor în manipularea și analiza datelor spațiale, precum și subiectul conex al analizei imaginilor.
Participanții au fost invitați pe baza experienței lor cu temele de cercetare și dezvoltarea de software ale hackatonului, urmată de un apel deschis către comunitatea Bioconductor (și nu numai). Grupul final de participanți a inclus un amestec de cercetători la început de carieră și seniori, inclusiv doi membri sverși și un cercetător din industrie, cu o gamă de experiență în omică spațială, analiză de imagini și dezvoltare de software.
Hackathonul s-a concentrat pe omică spațială și alte date de bioimagini, cu accent pe reprezentarea datelor, serializarea interoperabilă, manipularea datelor scalabile, interoperabilitatea Python, vizualizarea interactivă. Hackathonul s-a desfășurat pe parcursul a trei zile, cea mai mare parte a timpului petrecut în echipe care au dezvoltat și implementat în mod independent un plan care a abordat o provocare sau a îndeplinit un obiectiv important pentru membrii echipei.
În prima zi, participanții s-au organizat pe patru teme majore:
- Analiza expresiei diferențiale stratificate spațial
(Matteo Calgaro, Robert Castelo, Patrick Danaher, Pere Moles Serò) - Manipularea și vizualizarea datelor de imagine și segmentare
(Riccardo Ceccaroni, Carissa Chen, Davide Risso, Mike Smith) - Infrastructura și interoperabilitatea datelor spațiale în Bioconductor
(Helena Crowell, Martin Emons, Gabriel Grajeda, Hugo Gruson, Samuel Gunz, Rafael Irizarry, Daria Lazic, Luca Marconato, Charlotte Soneson, Michael Stadler) - Facilitarea utilizării modelelor de fundație pentru comunitatea Bioconductorilor
(Ilaria Billato, Juan Henao, Wolfgang Huber, Sviatoslav Kharuk, Artür Manukyan, Elisabeth Purdom, Dario Righelli, Gabriele Sales)
Fiecare zi a început cu o scurtă sesiune în care fiecare echipă și-a stabilit obiectivele pentru ziua respectivă. Ziua 1 a inclus și un singur slide, de cinci minute prezentarea planului de proiect imediat după prânz. Această prezentare la mijlocul zilei a servit pentru a ajuta echipele să dezvolte rapid un proiect concentrat, cu înțelegerea că planul de proiect se va schimba probabil în următoarele 2 zile.
Zilele 1 și 2 s-au încheiat cu ocazia fiecărei echipe de a-și prezenta munca și provocările cu care s-au confruntat în acea zi, din nou cu o prezentare într-o singură diapozitivă. Aceste rezumate zilnice după-amiaza au fost utile pentru a identifica provocările comune, pentru a cristaliza munca de la zi și pentru a oferi vizibilitate echipelor de proiect.
Evenimentul a fost organizat de Departamentul de Științe Statistice al Universității din Padova în colaborare cu EMBL și Venice International University, finanțat parțial de Consiliul European de Cercetare (ERC) Grant CoG 101171662 și susținut de EMBL’s Transversal Theme Theory@EMBL.
