Se anunță Consiliul Student Bioconductor-ECR
Dintr-o idee care a apărut în timpul sesiunii EuroBioC2026 Birds of a Feather, suntem foarte încântați să anunțăm formarea Consiliului Student-ECR!
În calitate de Consiliu nou înființat, ne propunem să sprijinim studenți și cercetători la începutul carierei (ECR) în comunitatea Bioconductor prin furnizarea unei platforme care reunește dezvoltatori și cercetători de date prin mentorat, creare de rețele și oportunități de dezvoltare profesională.
Faceți cunoștință cu membrii Consiliului
- Carissa Chen (Cercetator postdoctoral la Universitatea din Padova, Italia)
Sunt biolog computațional cu experiență în biologie moleculară și bioinformatică. Cercetarea mea actuală combină învățarea profundă și metodele statistice pentru a analiza împreună transcriptomica spațială subcelulară și imaginile histologice. Am fost un utilizator de mult timp al pachetelor Bioconductor și acum fac primii pași în dezvoltarea metodelor de calcul. Prin alăturarea Consiliului Student-ECR, sper să sprijin cercetătorii interdisciplinari ca mine să navigheze în comunitatea Bioconductor.
- Guillaume Deflandre (Doctorand la UCLouvain din Bruxelles, Belgia)
Sunt biolog computațional cu experiență în bio-inginerie. Inițial scăpată de domeniul biomedical, am făcut un salt de credință în timpul tezei de master și mi-a plăcut absolut! De atunci, am făcut cercetări despre cum să optimizez identificarea peptidoformelor în proteomica unicelulară. De îndată ce am pătruns în această lume a bioinformaticii, am fost introdus în Bioconductor, pachetele sale și comunitatea sa. M-au ajutat atât de mult până acum și, prin aderarea la Consiliul Student-ECR, sper să ajut și alți cercetători în același mod.
- Jasper Spitzer (Cercetator postdoctoral la Universitatea din Bonn, Germania)
Sunt biolog computațional cu experiență în imunologie. Pe parcursul doctoratului, m-am concentrat din ce în ce mai mult pe munca de calcul și acum sunt 100% pe partea computațională. În prezent, lucrez la date de ecran CRISPR la scară largă, precum și la proiecte cu o singură celulă și sunt, în general, interesat de modul în care structura datelor poate fi transpusă în biologie. Am fost un utilizator de mult timp al pachetelor Bioconductor și recent am încercat să fiu un membru mai activ al comunității. Cu experiența pozitivă pe care am avut-o în comunitate, vreau să împărtășesc acea distracție și entuziasm, încurajându-i și pe alții să facă parte din comunitate.
- Sophie-Marie Wind (Doctorand la Universitatea din Münster, Germania)
Sunt un bioinformatician cu accent pe analiza datelor de mare capacitate și dezvoltarea metodelor. În prezent, dezvolt un cadru de analiză pentru datele 4C-seq. Primul meu contact cu Bioconductor a fost în timpul studiilor de master, când am folosit pachetele Bioconductor pentru analiza datelor. În timpul doctoratului, m-am implicat mai mult în dezvoltarea pachetelor și am ajuns să apreciez comunitatea Bioconductor care susține și inspira. Această experiență m-a motivat să mă implic mai activ. În calitate de membru al Consiliului Student-ECR, sper să-mi împărtășesc entuziasmul pentru bioinformatică, să contribui la comunitate și să ajut să susțin alți cercetători la începutul carierei.
- Kateřina Matějková (Doctorand la Universitatea Charles din Praga, Republica Cehă)
Sunt biolog computațional cu experiență în biologie moleculară și genetică. Cercetarea mea se concentrează pe analiza splicing-ului în bolile mendeliane. Am fost introdus pentru prima dată în pachetele Bioconductor în timpul masterului meu, iar în timpul doctoratului, m-am alăturat EuroBioC. Apreciez profund natura de susținere și colaborare a acestei comunități. În prezent, lucrăm pentru a stabili o comunitate cehă BioC și a crea inițiative educaționale pentru a sprijini cercetătorii care lucrează la începutul carierei care lucrează la intersecția dintre biologie și informatică.
- Nyasita Ondari (Asociat de cercetare la Institutul Internațional de Agricultură Tropicală (IITA), Nairobi, Kenya)
Sunt un bioinformatician concentrat pe construirea de conducte și fluxuri de lucru pentru analiza datelor biologice la scară largă. Am studii în bioinformatică și biochimie medicală. Prima mea introducere în Bioconductor a venit în timpul masterului meu, unde am folosit pachetele sale pentru a-mi analiza datele în R. De atunci, implicarea mea a crescut. În martie 2025, am instruit primul atelier de bioconductor organizat vreodată în Africa, la Nairobi. Astăzi, conduc seria de seminarii Bioconductor Africa și susțin implicarea comunității și rețelele sociale în cadrul proiectului Bioconductor.
Viziunea noastră
Ne propunem să creăm un mediu incluziv și divers pentru studenți și cercetători la început de carieră din comunitatea Bioconductorilor, de la aceștia descoperind Bioconductor pentru prima dată utilizatorilor și dezvoltatorilor de lungă durată de pachete de bioconductor.
Folosind această platformă, scopul nostru este de a crea oportunități pentru cercetătorii aflați la începutul carierei (ECR) să se conecteze unii cu alții, cultivând o pozitivă și de susținere comunitate care îmbrățișează știință deschisă şi cercetare reproductibilă practici. De asemenea, ne propunem să dăm putere cercetătorilor contribui la proiecte de bioconductor, consolidarea transparenței şi încurajarea dezvoltării software conduse de comunitate. În același timp, sperăm să consolidăm buclă de feedback între utilizatori și dezvoltatoriîncurajând colaborarea și contribuind la modelarea și îmbunătățirea continuă a ecosistemului Bioconductor.
Câteva dintre inițiativele noastre propuse includ:
- Program de mentorat oferirea de asistență de la egal la egal, alături de îndrumări tehnice în domenii precum dezvoltarea pachetelor, cele mai bune practici de codificare și contribuția la Bioconductor
- Seminarii vizate care acoperă diseminarea celor mai recente paneluri de cercetare și carieră
- Ateliere cum ar fi demonstrațiile de pachete contribuite de comunitate
- Hackathonuri „Primul număr bun”. pentru a ajuta noii contribuitori să dobândească experiență lucrând pe probleme pentru începători
…si mai mult!
Pe măsură ce abia începem, De asemenea, ne-ar plăcea să auzim ideile dvs pentru evenimente și inițiative viitoare! Dacă aveți sugestii, vă rugăm să acordați câteva minute pentru a completa sondajul nostru.
Pentru a fi anunțat despre activitățile viitoare, vă rugăm să vă abonați la canalul nostru Zulip!
Programul de mentorat pentru bioconductor
Lansăm Programul de Mentorship Bioconductor și le căutăm pe ambele mentori și mentori pentru aportul viitor (provizoriu octombrie/noiembrie). Domeniile de interes propuse pot include:
- Dezvoltarea pachetelor: dezvoltarea de scripturi R într-un pachet complet Bioconductor
- Dezvoltare tehnică: îndrumări privind cele mai bune practici de codificare, contribuția la pachetele existente și navigarea în comunitatea de dezvoltare a bioconductorilor.
- Mentorarea colegilor: gestionarea unui doctorat, consiliere în carieră și multe altele. Alte zone TBC în funcție de interes, așa că vă rugăm să ne anunțați dacă există zone specifice de care ați beneficia!
Dacă sunteți interesat să participați la Programul de Mentorship Bioconductor, vă rugăm să vă exprimați interesul aici.
Alăturaţi-ne!
Salutăm pe oricine din toate etapele carierei și mediile științifice să se alăture Consiliului. Mai exact, membrii Consiliului sunt persoane care aleg să își asume un rol activ, de exemplu participând la întâlniri atunci când pot și ajutând la planificarea sau desfășurarea activităților în funcție de interesele și disponibilitatea lor.
Simțiți-vă liber să veniți la ședințele noastre regulate ale Consiliului în a treia zi de marți a fiecărei luni la ora 9:00 CET pentru a afla mai multe. Deoarece primim noi membri care pot fi din fusuri orare diferite, ora întâlnirii se poate schimba, așa că vă rugăm să nu ezitați să ne contactați.
Dacă sunteți interesat să vă alăturați Consiliului Student-ECR, vă rugăm să ne contactați pe canalul nostru dedicat Zulip sau să ne contactați prin e-mail.
Sau pur și simplu salutați și prezentați-vă pe Zulip! (Avem nevoie de mai mulți prieteni!)
BioC2026 în Seattle
Vom organiza o întâlnire live de întrebări și răspunsuri și o întâlnire ocazională pentru studenți-ECR în timpul BioC2026 marți, 11 august, de la 8:30 la 9:00 PT. Membrii Consiliului se vor alătura prin Zoom pentru a-i întâlni pe participanți și a răspunde la întrebări după discuția lor fulger preînregistrată de luni. Vino să cunoști alți ECR din comunitatea Bioconductor și află mai multe despre cum să te implici în Consiliul Student-ECR!
