În perioada 15-17 septembrie 2026, membrii comunităților Bioconductor, Galaxy și nf-core s-au reunit la The Open University din Milton Keynes pentru evenimentul comun BioFAIR Data to Discovery și BioFAIR Collaboration Fest (CoFest).
Evenimentul de trei zile a combinat instruirea practică cu munca de colaborare privind interoperabilitatea software-ului de cercetare. Acesta a fost organizat în comun de BioFAIR Fellow Marisa Loach și BioFAIR Pathfinder lider de proiect și Institute for Research Software 2026 Fellow Kevin Rue-Albrecht.
CoFest a reunit colaboratori din Marea Britanie, Irlanda, Germania, India și SUA, cu participare atât în persoană, cât și la distanță.
Marisa a condus Date pentru descoperire instruire, introducând participanții la analiza unicelulare folosind instanța europeană a platformei Galaxy (https://usegalaxy.eu/), în timp ce Kevin a condus hibridul CoFest concentrat pe a face metodele dezvoltate ca pachete Bioconductor R mai ușor accesibile prin infrastructuri precum Galaxy și nf-core.
O recapitulare a evenimentului a comunității Galaxy acoperă, de asemenea, antrenamentul și CoFest-ul din perspectiva Galaxy.
Provocarea: realizarea metodelor reutilizabile în ecosisteme
Există numeroase comunități în spațiul bioinformaticii care se concentrează pe diferite aspecte, cum ar fi dezvoltarea codului, realizarea de interfețe grafice fără cod, crearea de tutoriale și documentație și multe altele. Unele dintre acestea sunt Bioconductor, Galaxy și nf-core, care joacă roluri complementare în bioinformatică. Bioconductor oferă un ecosistem mare de pachete R care implementează metode de analiză; Galaxie oferă un mediu accesibil pentru rularea și partajarea analizelor reproductibile; şi nf-core oferă un cadru comunitar pentru conductele portabile Nextflow.
Provocarea este că punerea la dispoziție a aceleiași metode în aceste medii necesită adesea pachete separate, metadate și întreținere. The BioFAIR Pathfinder Proiectul din spatele evenimentului explorează modalități de a reduce această dublare, inclusiv instrumente pentru adaptarea metodelor Bioconductor precum instrumentele Galaxy și modulele nf-core.
Un obiectiv major al CoFest a fost BiocJobs, o abordare în curs de dezvoltare care permite ca sarcinile de analiză să fie descrise alături de pachetele Bioconductor și utilizate pentru a genera reprezentări pentru diferite sisteme de flux de lucru.
Punerea în practică a ideii
Mai degrabă decât numai discutând interoperabilitate, participanți aplicat această abordare a unui flux de lucru exemplar de analiză cu o singură celulă.
Grupul a mapat părți din acel flux de lucru la „BiocJobs” la nivel de pachet reutilizabil și a testat calea de la descrierile menținute alături de pachetele Bioconductor până la componentele fluxului de lucru generate. Lucrarea a cuprins pași, inclusiv importul de date, controlul calității, normalizarea, reducerea dimensionalității și analiza markerilor.
Acest lucru a oferit contributorilor o modalitate concretă de a testa procesul, de a îmbunătăți documentația și de a identifica ceea ce ar fi necesar pentru a facilita contribuția altora.
În ultima zi, am surprins fluxul de lucru la care lucram într-o singură diagramă: de la un commit la un depozit de pachete Bioconductor, prin construirea și publicarea automată a pachetelor de instrumente, până la utilizarea acestora în Galaxy, nf-core și alte medii de flux de lucru.
Trei zile nu au fost suficiente pentru a implementa pe deplin fluxul de lucru capturat în diagramă – și nici acesta nu a fost scopul. În schimb, CoFest a demonstrat procesul pe un număr mic de pași selectați ai fluxului de lucru, documentând în același timp modul în care alții ar putea contribui. Acest lucru a creat o bază pentru integrarea de noi colaboratori și, de-a lungul timpului, a permis mai multor colaboratori să creeze învelișuri pentru alte metode de bioconductor utilizate pe scară largă.
Ce am învățat
Una dintre cele mai clare lecții a fost că interoperabilitatea nu înseamnă doar scrierea de software care conectează o platformă la alta.
Depinde, de asemenea, de a decide unde ar trebui să locuiască informațiile, cine este cel mai bine plasat pentru a le menține și cum se pot integra în mod natural contribuțiile în practicile fiecărei comunități. Aducerea în aceeași cameră a dezvoltatorilor de pachete Bioconductor, a colaboratorilor Galaxy și a dezvoltatorilor nf-core a făcut posibilă analizarea procesului de la capăt la capăt, mai degrabă decât din perspectiva unui singur ecosistem.
Evenimentul a întărit și valoarea lucrului dintr-un caz de utilizare științific concret. Utilizarea unui flux de lucru cu o singură celulă a oferit participanților ceva comun de construit, testat și discutat, expunând în același timp întrebări care ar fi fost dificil de anticipat doar din discuțiile de proiectare. Notele CoFest surprind câteva dintre aceste întrebări emergente, în special despre modul în care ar trebui structurate și compuse locurile de muncă reutilizabile.
Ce urmează
CoFest a fost conceput mai degrabă ca un punct de plecare decât ca un sprint unic.
Următorul pas imediat este continuarea perfecționării fluxului de lucru demonstrat în timpul evenimentului: îmbunătățirea instrumentelor și a documentației, testarea lor pe metode suplimentare de bioconductor și facilitarea participării noilor contribuitori.
Planificăm, de asemenea, evenimente ulterioare în primul trimestru al anului 2027. Acestea vor oferi o oportunitate de a reuni comunitățile din nou, de a construi pe exemplele dezvoltate în Milton Keynes și de a implica mai mulți contribuitori în extinderea abordării la alte metode utilizate pe scară largă.
Scopul pe termen mai lung este simplu: faceți mai ușor ca software-ul dezvoltat într-o comunitate de cercetare să devină blocuri utile și durabile într-o altă comunitate.
Ești interesat să te implici? Alăturați-vă Bioconductorului Zulip și canalului #biofair2026-workflow-sprint și urmăriți subiectul BiocJobs pentru discuții în curs.
